澎湖地區因地形與氣候條件特殊，供水環境困難，遠較台灣本島地區不易，其中虎井嶼更因位於偏遠三級離島地區，其供水環境更加艱困。目前馬公市虎井嶼海水淡化廠，係於87年間由省政府時期民政廳補助籌辦，於90年興建完成。後因設施老舊，為求順利出水供應居民所需，曾於97年添購備用海淡機組輪流運作。
該海淡廠營運迄今已逾十餘年，其設施均老舊不堪、功能不彰，無法正常出水供應所需，已達汰換必要。水利署為穩定供水、改善用水品質，以解決當地民眾的用水問題、確保民眾基本用水權利，於102年爭取經費3,600餘萬元，協助該廠整建及設備更新汰換；惟地處偏遠，人力、機具之運補困難，招商不易；經各方努力排除障礙後，於102年2月18日開工，並於103年10月完工啟用正式營運；目前每日產水量200噸，水量穩定、水質優良，虎井居民669人直接受益，當地民眾及民意代表對本海淡廠設備更新均給予相當大的肯定。