為確保113處水質水量保護區水源安全潔淨，有效防範貽害水質水量情事發生，已初步完成舉發及查緝違反自來水法第11條案件管控機制，針對保護區內巡查、舉報及查處工作橫向聯繫及追蹤管制，特別成立水質水量保護區管制事項協調會報，請自來水事業基於保護區申請劃設單位辦理巡查，地方政府(直轄市、縣(市)政府)依個案所涉及目的事業法規查處，並設置單一聯繫窗口提供案件最新查處情形彙整，再透過會報會議召開，進行協商及追蹤列管。
前項協調會報，自民國100年開始至103年底，累計已召開7次會議，期間遭遇許多問題。就此等問題，故水利署建置「水質水量保護區巡查系統」，透過本系統e化之管理介面，規劃及建置相關標準作業流程及表格，讓巡查單位及巡查人員，利用離線版功能及運用現代化科技，如iPad及平板等內建衛星定位、拍照及無線網路等功能，不僅自動繪製巡查路線、在處理疑似違規案件舉報或查處單位所送查處情形，是否有水質污染疑慮之確認作業時，均可顯示系統時間、拍照地點之坐標、違規類型及描述等，均在同一表單內完成，俟至有網路（WIFI）地點再上傳後即可，且巡查單位或人員均可事後檢視相關電腦紀錄。
至於查處單位作業上，疑似違規案件一經巡查單位舉發後，系統將電郵通知查處單位單一聯繫窗口，再分派予查處單位，查處單位如有填報最新查處情形時，系統可電郵通知巡查單位及查處單位單一聯繫窗口，且因有相關單位公文日期及文號可供比對及追蹤；另，水利署幕僚作業，於召開協調會報會議時，僅需自系統下載相關案件時，即可進行追蹤列管。因此，各機關間均可快速反應及橫向聯繫，有效嚇阻水質水量危害疑慮，確保水源安全。
水利署續依協調會報第7次會議決議，於103年12月12日下午1時假逢甲大學舉辦「水質水量保護區巡查系統」教育訓練(現場上課情形，如圖1、2)，參訓對象以
自來水事業、地方政府、鄉(鎮、市、區公所)及巡查志工為主，期許透過實機操作了解系統相關流程及各司權責；本系統初步建置首頁（如圖3），並於104年1月正式開通，未來更朝向提供一般民眾、媒體或NGO團體等等有心志工，上網舉報功能，並將相關關切案件之最新查處情形，適度提供檢索功能，期許透過程序之公開透明，一起守護水資源。
