2005年7月，從台北縣瑞芳鎮開鑿的、可分流基隆河洪水最多達每秒1,310立方公尺的員山子分洪工程總算正式完工了。這條全長2,483.5公尺、內徑12公尺，經基隆山西麓，於台2線79公里處入東海的分洪隧道是極少數未完工就使用的水利工程。事實上，提前使用還不只一次，從2004年的9月11日豪雨、10月25日的納坦颱風及12月3日的南瑪都颱風，都是在隧道襯砌尚未全面完成前，就不顧損失提早使用（尤其是納坦颱風將隧道內資材、機具、鋼模沖至出口消能池），造成原應在2004年10月4日就該完工的工程，因此而延宕至2005年7月；而會這麼急，是因為這條分洪道是基隆河整體治理計畫中最重要的一項工程，它的功能是讓基隆河自介壽橋以下可達到二百年重現期的保護標準。
基隆河是淡水河三大支流之一，台北地區防洪整體計畫（參閱1999年12月）不是該包括在內嗎？但當時的台北地區防洪計畫，基隆河只是關渡到松山這段，隨著社會經濟的發展，1987年琳恩颱風、1998年瑞伯、芭比絲颱風、2000年象神颱風、2001年納莉颱風都造成基隆河兩岸嚴重損失，基隆河的整體治理顯得迫切而重要。
但基隆河在台北市改制為直轄市後，南湖大橋以上屬於省管河川，南湖大橋以下到中山橋卻屬市管區段（中山橋以下已在台北地區防洪計畫內完成），而依照行政院核示，各河段的治理規劃之釐訂與實施，均各自負責，因此基隆河的整體治理因此必須話分兩頭。
先說台北市。由於南湖大橋下游的基隆河河道蜿蜒、坡度平緩，右岸又少堤防（本河段內原僅有大直堤防），琳恩颱風時，洪水從內湖的缺口灌入，造成嚴重水患，市府因此分二期整治，第一期自1991年11月開工、1994年6月完成，經費437億元，主要是防洪體系的建立與截彎取直後新舊河道的轉換，除中央補助外並以特別預算支應；第二期自1993年11月開始、1996年底完成，經費1,142億元，主要是新生地的開發，故由平均地權基金預算支應，雖然耗資不貲，但除了解決水患外，中山橋改建、環東（天母）快速道路完成等，也促使交通流暢。截彎取直後產生277公頃新生地，也促進都市發展；而河川地的整理綠化，也讓市民多了休閒遊憩場所。
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省府部分，雖然水利局於1989年完成「基隆河治理基本計畫（南湖大橋－八堵橋段）」、1993年完成「基隆河治理基本計畫（八堵橋－候硐介壽橋段）」，但河川治理涉及雨水下水道、橋梁、都市發展與集水區土地利用等，牽連甚廣而難以施行。行政院乃於1998年指示，由當時的臺灣省政府水利處整合相關計畫，並訂定整體治理計畫，分二階段方式辦理。第一階段於1998年至2001年先辦理「基隆河初期治理工程」，興建護岸堤防長約22.82公里，疏濬河道土方約365萬立方公尺，使能通過10年重現期的洪水；第二階段再實施整體計畫，使基隆河能達到二百年重現期的保護標準。
2000年4月，經濟部水利處提報「基隆河整體治理方案」至行政院，行政院指示應優先推動員山子分洪，並於翌年先核定員山子分洪計畫；接著在2002年5月核定「基隆河整體計畫（前期計畫）」，立法院亦配合通過特別預算，計畫總經費約316億元，自2002年7月開始，至2005年5月完成。而為了加速趕工，水利署將轄區河段區分為11個防洪區段堤防工程，動員8個河川局人力，融入生態工程理念，並以3D動畫模擬工程完工景象爭取居民認同，堤防工程提早在2004年12月完成，只是前期計畫完成後，經評估後期計畫可以暫緩而未實施。
【補充說明】疏洪與分洪：二者名稱雖不一樣，但都是以分流方式，把主河道超出負荷的洪水引流出去，以降低水位，減輕可能的洪災，適用於保護都市精華地區。若要明確區分二者，可說：分流後洪水再歸入本流，可稱為疏洪，例如「二重疏洪道」；分流後洪水獨立入海或引入其他河道，稱為分洪，如「員山子分洪」。