為提升政府目前辦理治水工作之透明程度，及逐步將民眾參與納入治水計畫各執行程序中，經濟部已針對「
流域綜合治理計畫」(103~108年)於103年12月4日頒布「經濟部辦理
流域綜合治理計畫建立民眾參與機制注意事項」，使
水利署及各
河川局執行各項治水工作時，均能融入民眾參與之理念，以逐步讓民眾參與成為政府施政之常態作法。
「經濟部辦理
流域綜合治理計畫建立民眾參與機制注意事項」包含下列4大主要方式：
- 成立在地諮詢小組：由水利署各河川局邀請轄區內各直轄市、縣(市)政府、專家學者及民間團體代表成立諮詢小組，開會時並邀相關機關、單位參加。
- 辦理溝通活動：流域綜合治理計畫之規劃(含規劃檢討)及治理工程應適時召開說明會對外說明；另針對外界關切或重大案件，各執行機關得增加以工作坊、座談會等形式，加強對外界溝通。
- 指定溝通窗口：各執行機關應指定專人擔任本計畫溝通窗口，持續與民眾進行溝通，以利意見交流。
- 重要資訊公開：流域綜合治理計畫重要內容，應依政府資訊公開法規定設置專屬網站辦理。
目前水利署各河川局均按照該機制作法，參照在地特性邀請關心所在地區治水工作之專家學者及民間團體代表，會同縣市政府及相關機關成立諮詢小組，並按照至少每三個月召開一次之規定，完成二次在地諮詢小組會議的召開，各執行機關亦均已成立計畫單一窗口，並對執行之規劃及工程個案設有個案溝通窗口，提供民眾隨時溝通的暢通管道。
而鑒於以往僅藉由辦理地方說明會方式仍有無法與民眾進行更深層意見交流之遺憾，為深入溝通，本次活動型態已特別將工作坊及座談會等納入，希望能在政府施政與民眾期待之間找到平衡點，使治水工作能更順利圓滿。
目前水利署為能讓民眾參與能發揮預期參與功效，已設有計畫網頁(http://www.wra.gov.tw/lp.asp?CtNode=8216&CtUnit=1693&BaseDSD=7)，將計畫相關資料及民眾參與各項內容公開於網路上，除此之外，為顧及部分不常使用網路的民眾，各溝通活動訊息亦將請村里長公布於村里集會場所或宗教信仰中心等，另目前已完成之各綜合治水規劃報告成果，亦已陸續公開於圖書系統首頁(http://lib.wra.gov.tw)之「綜合治水規劃」專區，各項資訊公開的目的，就是要使民眾能在事前取得資料，並在充分了解的情況下參與溝通，減少誤解，提升溝通成效。
民眾參與流域綜合治理計畫只是民眾參與治水的開端，未來水利署將藉由民眾參與經驗的累積，逐步全面推展及常態化，確保各種在地之專業意見與智慧都能納入，使未來各項施政均能更符合地方大多數人期待。