為改善與回復區域地下水的狀態，彰雲地區於109年底持續推動濁水溪河槽地下水補注工作，預計於110年2月起開始進行操作，屆時即可達成疏濬、揚塵防制與地下水補注的多目標功能與效益。
提到地下水保育，最直接也最有效的方法之一就是對地下水進行補注，透過有目的之將水源補注、儲存至合適的含水層，以達到增加地下水資源量、提升地下水水位、防止海水入侵等目的。
臺灣因降雨時空分布不均、地形坡陡流急使得降雨難以有效保留運用，再加上近年全球氣候變遷之影響，豐枯水期之水量差異亦增加枯水期的用水壓力與地下水的用水負擔。尤其，彰雲地區為長期地下水情勢緊張之地區，更需要改善與回復地下水的狀態，因此，地下水保育的工作刻不容緩。
為減緩地下水的補注與抽用失衡的狀況，並可確保有限的地下水得以永續利用，水利署於108年即參考「濁水溪河川揚塵防制及改善方案」中水覆蓋措施兼具揚塵改善與地下水補注效益之成功的案例，於該年底前配合河道疏濬與灘地護岸強化的方式，參考中央地質調查所公布的地下水補注地質敏感區範圍，選定濁水溪下水埔段河槽並比照水覆蓋措施方式辦理地下水補注的工作(如圖1)，使能同時達成疏濬、揚塵防制與地下水補注的多目標功能與效益。
有鑑於地下水補注工作推動之重要性，並逐漸成為各界所矚目的議題，109年水利署除持續維護既有濁水溪河槽地下水補注設施外，於南岸灘地同樣採配合河道疏濬作業方式擴充部分蓄水範圍，並規劃引上游農水署雲林管理處3號取水口下游灌溉尾水接續蓄水補注(如圖2)。其中，已於10月開始進行相關工程作業，原則係以寬8公尺、高3公尺土堤護岸，以及蓄水區降挖2公尺方式設置，設置後之蓄水範圍長約250公尺、寬約200公尺(如圖3)；工程預計於109年12月完成，配合疏濬作業計預於110年1~2月間開始操作，其中，依蓄水區規模及102~103年南岸蓄水池推動經驗，採每日3萬噸入滲量概估，每年約可提供1,000萬噸入滲補注水量。
整體而言，位於地下水補注地質敏感區內的濁水溪河槽與灘地，藉由多目標的規劃與方案的操作應可確實發揮地下水補注的功能，並可在有限經費、土地、水源等條件下增加地區地下水之補注量，減緩彰雲區域因水文環境不利且水資源供需失衡所造成之衝擊影響，進而提供民眾一個更為完善的生活環境。