臺灣推動伏流水的歷史，最早可追溯至西元1923年完工之二峰圳，其係以明挖方式於河床下構築地下式取水堰堤工法（集水廊道）。此外，台糖公司在民國48年曾於高屏溪河床建造輻射井取水工程(現況已遭洪水沖毀，僅存文獻資料)，又台水公司自民國60年代起在高屏溪沿岸陸續設置林園、昭明、會結、翁公園、九曲堂等伏流水取水站，以因應高雄地區用水需求。水利署後續推動羅東攔河堰（民國93年）及陸續於濁水溪、高屏溪、東港溪、旗山溪等流域研議推動伏流水開發之可行性。
國內推動伏流水工程之歷史雖然甚早，但直到民國90年代仍未成為水資源開發工程之主流，檢討主要原因在於取水量與建造成本之效益比值不如攔河堰、集水管和濾層常阻塞及相關取水設施常遭洪水沖毀等問題，以致不易全面推動實施。
近年來因河川原水高濁度現象頻繁，影響傳統攔河堰正常取水量及區域供水穩定。具有可取得較潔淨水源之伏流水取水方式再度被重視，又國內外伏流水工程在集水管使用材質、設施維護管理及反沖洗技術上已有提升。因此，近期水利署與台水公司於高屏溪（竹寮、翁公園、大樹）進行伏流水開發工作，以期能更全面及有效運用伏流水取水之優勢，在高濁度期間提供每日30萬噸之備援水量。
惟
伏流水與地面水及
地下水之關係密切，以
伏流水取水設施取河道下之
伏流水，其供水能力與
河川流量成正相關，且取水後可能影響鄰近
地下水位或鄰近水利設施可取水量，故須考量合法
水權人之用
水權益及對環境之影響。因此，目前新增之
伏流水設施於供水定位上，多以
豐水期備援供水為主，以因應高
濁度情況，若要作為長期常態供水，未來須進一步配合鄰近
地下水位觀測井監控水位（或
河川流量監控）。
未來水利署會持續評估其他可行之伏流水利用方式，並積極規劃推動執行。