為加速「流域綜合治理計畫」推動，水利署已於本(104)年9月初啟動第二期治理工程勘評作業，預計辦理全國18個直轄市、縣(市)政府提列之治理工程勘評，截至目前已辦理宜蘭縣、新北市、桃園市、新竹縣、新竹市、苗栗縣、台中市勘評，預計於本(104)年12月底完成勘評作業及彙整工作後，提報審查工作小組審查及報經濟部核定執行。
計畫總經費660億元，計畫期程為103~108年，其中由水利署辦理縣(市)管河川及區域排水經費為420億元，分6年三期執行，第一期(103年至104年)，第二期(105年至106年)，第三期(107年至108年)。主要目標為改善淹水面積320平方公里，增加保護人口120萬人。
本計畫第一期治理工程業於103年10月6日核定，主要辦理區域有102年度康芮颱風災情嚴重之雲林縣虎尾、土庫地區
湳子排水系統、嘉義縣新港地區埤子頭排水系統納入辦理，另外也持續投入彰化石笱排水、台南三爺溪排水、將軍溪排水、高雄鳳山圳排水、屏東恆春東門溪排水等；目前各縣(市)政府正趕辦已核定之治理工程用地徵收作業中，而水利署各河川局及各縣(市)政府就無用地問題之治理工程已發包91件，已完工12件，改善縣(市)管河川及區域排水長度約34公里。