為落實「無紙化」作業，
水利署自94年起推行「公文線上簽核系統」，正式開啟電子公文之路，除滿足
水利署台北、台中兩地三處辦公區間公文文書作業需求，進而推廣至所屬各水資源局及
河川局等15個機關，並於102年11月導入
水利署與所屬機關間跨機關簽核作業，除提昇公文傳遞及簽辦作業效率外，亦提昇
水利署及所屬行政效率與機關形象。
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電子公文線上簽核之創簽稿、加註會辦意見、核判決行等，均需整合數位憑證，以達公文資訊之機密性、完整性與不可否認性。隨著資訊應用的普及化，公務文書之跨機簽核勢不可擋，然資訊安全問題首當其衝，唯有建置安全作業環境，才能達成系統可靠之應用機制，而憑證應用之目的，即是滿足資安之需求，亦為導入自然人憑證使用之契機。
水利署公文線上簽核系統於102年10月開始導入自然人憑證應用，至104年5月已達153萬使用人次，其加簽數占公文總量之30.78%，因已獲致可觀績效，而獲得內政部「第九屆自然人憑證應用系統評比活動」頒發「公務應用系統組」優良獎。未來
水利署公文線上簽核系統隨著使用期間增加，有關自然人憑證應用之績效將更顯著，不但節省可觀公帑，亦增加憑證應用之多樣性及方便性。