第八河川局依據卑南溪近年來之河道大斷面測量資料進行分析檢討，卑南溪及重要支流鹿野溪、鹿寮溪目前通洪斷面尚足夠，屬無需要緊急疏濬之河段，惟每年第八河川局仍會依照局部河道特性，進行必要的預防性疏濬、河道整理或堤防加高加強等維護管理工程，以加強河防安全。
卑南溪屬下刷型河川，但因為歷年颱風豪雨帶來土石，仍可能造成局部河段淤積，而需辦理局部河段的疏濬及河道清淤工程。雖然莫拉克颱風所造成之上游集水區崩塌土方，於大雨後仍可能持續帶下大量土砂，而造成河床淤高，但因為卑南溪自然輸送土砂之能力，及第八河川局針對淤積較嚴重的河段，進行多次疏濬及河道整理的結果，於98〜102年間之分析結果顯現，整體河床平均高程變化不大，卑南溪全河段平均淤高0.04公尺，顯現莫拉克風災後雖然整體河床並未明顯淤高，但該次淤砂量仍未完全帶離河道，仍有可能造成局部河道淤積的可能性，未來仍然需要繼續監測。
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為減少莫拉克風災後所帶來土砂災害問題，第八河川局自99年至104年已陸續針對重要河段，辦理疏濬及河道清淤工程計12件，總計疏濬量約達395萬立方公尺。今(104)年度辦理「104年度卑南溪日出疏濬土石採售分離作業計畫」疏濬之土方數量為80萬公噸（約50萬立方公尺），疏濬方式以「採售分離」作業辦理，雖歷經八次標售惟無廠商標購，在考量該河段無通洪之慮，遂於疏濬量達72萬公噸（約45萬立方公尺）時在考量成本及土石市場狀況而停止疏濬。
後續檢討於訂定年度目標量時應考量土石市場狀況，擬定合理之疏濬數量、收益目標，對歷次颱風豪雨所帶來土石，逐漸往下游運移蓄積於部分河道情形加強監測評估，並為疏導水流及增加通洪斷面，維護河防安全及配合砂石供應政策等因素，納入年度整體疏濬之考量之依據。