1999年9月21日凌晨1時47分，臺灣發生該世紀內最大的地震，震央在南投縣集集鎮，中部6縣市有19個鄉鎮列為災區，地震造成2,415人死亡、29人失蹤，房屋全倒、半倒皆超過5萬棟的重大災害。
雖然集集大地震歸類為「震災」，不是水災，但地震除了造成石岡壩毀損（參閱10月15日）及草嶺堰塞湖（參閱5月18日）外，鯉魚潭水庫、豐原淨水場也受損，烏溪支流貓羅溪自振興橋至南崗橋約6公里的堤防遭位移破壞，旱溪觀音橋下游、頭汴坑溪一江橋上游山崩阻塞河道，其他自來水設施、農田水利設施、堤防等皆有損壞，因此也算是屬於「水利事件」。
921地震後，總統依據憲法增修條文第2條第3項規定，於9月25日發布緊急命令，施行期間至2000年3月24日止。
【補充說明】緊急命令：憲法增修條文第2條第3項規定，總統為避免國家或人民遭遇緊急危難或應付財政、經濟上的重大變故，得經行政院會議之決議發布緊急命令，為必要之處置，不受憲法第43條之限制。但須於發布命令後10日內提交立法院追認，如立法院不同意時，該緊急命令立即失效。
而憲法第43條的規定則是，國家遇有天然災害、癘疫，或國家財政經濟上有重大變故，須為急速處分時，總統於立法院休會期間，得經行政院會議之決議，依緊急命令法，發布緊急命令，為必要之處置，但須於發布命令後一個月內提交立法院追認。如立法院不同意時，該緊急命令立即失效。
二者之不同在於：原憲法規定依「緊急命令法」，且是在立法院休會期間，但增修條文則無；且發布後提交立法院追認的時限也不同，憲法增修條文是10日，憲法是一個月。
政府遷臺後，共發布4次緊急命令。第一次是為了1959年的「87水災」，當時災民高達30多萬人，前總統蔣中正發布緊急處分令，變更稅法及預算措施，以幫助救災和重建工作。第二次是1978年臺美斷交，由於民眾情緒激昂，為防止社會失序，前總統蔣經國也發布緊急處分令，讓正在進行的民意代表增額選舉延期，以穩定國情。第三次是1988年，前總統蔣經國去世，繼任總統李登輝擔心引起兩岸關係變化，發布緊急處分令，禁止聚眾集會、遊行請願。第四次則是921地震，前總統李登輝也發布緊急命令，讓災區重建、醫療人員招募、交通搶修、調派國軍等工作不受法令限制。
921地震後催生了專門用來應付天災的「災害防救法」，因此10年後的莫拉克颱風雖也造成重大災害，馬英九總統並未發布緊急命令。