水庫是臺灣地區重要的水資源設施，提供灌溉、發電、工業及公共給水等標的用水，為了解水庫水質情形，環保署每年對臺灣地區主要水庫進行監測。
依卡爾森優養指數法估算，103年監測20座主要水庫，貧養化水庫計2座，占監測水庫之10.00％；普養化水庫計13座，占監測水庫之65.00％；優養化水庫計5座，占監測水庫之25.00％。其中，貧養化2座水庫分別為翡翠及日月潭，以翡翠水庫水質最佳，優養指數37，日月潭水庫次之，優養指數38；優養化5座水庫分別為明德、鏡面、澄清湖、鳳山及牡丹，以鳳山水庫最為嚴重，水質最差，優養指數高達77，鏡面水庫次之，優養指數為55。