水利署新店辦公區位於新北市新店區安和路三段76號，距離臺北捷運最近捷運站為中和新蘆線之南勢角站(約二公車站距離)，西側安和路對面為交通部公路總局第一區養護工程處中和工務段，北側新和街對面為新北市新店區新和國小，東南側緊鄰新北環河快速道路，並靠近中安大橋側，公車站名為「真光教養院」，下車即可見到本辦公區。
1950年7月，經濟部中央水利實驗處朱光彩處長基於國內水利建設之成功於否，有賴水利工程規劃是否佈置得宜、水工結構物設計斷面是否具可行性、安全性及經濟性考量，分別於臺北及臺南成立兩座水工試驗室，本辦公區廳舍之前身即為臺北水工試驗室場地，亦即臺大水工所所指南勢角水工試驗場。
1959年3月，中央水利實驗處改制為經濟部水資源統一規劃委員會(以下簡稱水資會)，下設測繪組、計劃組、試驗組及秘書室於本區辦公，在水利界耆老吳建民先生及林襟江前副署長等人努力之下，於1968年10月主導淡水河流域整治計畫，建構大台北地區防洪模型，更於1970年2月深獲嚴副總統及行政院蔣副院長等視察現址淡水河水工模型試驗(如圖一)，足見水利建設受當時國家之重視程度。
1996年12月，水資會與水利司合併改制為「經濟部水資源局」，2002年3月「水資源局」與「水利處」整併為「水利署」，本辦公區仍設「保育事業組」，相關設施仍完整保存於現有新店辦公區廰舍。
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現本區範圍內，試驗場地除台大水工所外，尚有國家實驗研究院(即國家地震中心)、2座交大水工試驗場，並有水利署臺北水源特定區管理局宿舍(舊水質室)等利用。但是，目前亦面臨困境，因1999年6月及12月臺北縣政府分別通過「變更新店都市計畫(配合台北都會區環河快速道路台北縣側建設計畫)案」及「變更新店都市計畫(第二次通盤檢討)案」等2件都市計畫變更案，除將本區「機關用地」1.96公頃中，0.91公頃變更為「文小用地」(即新和國小校地，如圖二)，並為配合該校地整併及新和街改道，於本區圍牆內側外推10m設置道路，除台大及1座交大水工試驗場、新店辦公區會議室及生態池外，建築物均受影響，面臨需拆除或改建命運，亦即水文組庫房、國震試驗場、大台北防洪模型、舊土壤室(綜企組及防災中心庫房)、秘書室檔案庫房、2個機車停車棚、2個汽車停車棚、保育組辦公空間、臺北水源特定區管理局宿舍、警衛室、台電全區配電箱及水工試驗泵浦室等8至9成建物，均受影響。
2013年7月，行政院更核定新北市政府所陳「安坑線輕軌運輸系統暨周邊土地開發可行性研究報告書」，即採前揭核定變更之10m道路共構，都市計畫變更面積為0.27公頃，於警衛室附近設置K8站，並將第1汽車棚改為水利署及民眾共用汽車停車位及設置出入口，該地點亦為本辦公區全區主要用水、用電來源，保育組辦公空間更為高架軌道必經處。
2014年初，水利署(秘書室)與新北市政府協商採「先建後拆」模式，預定於本區內台大水工試驗場旁荒廢場址處，興建1棟地下2層地上7層，每層約1千米見方之辦公大樓，將本辦公區原拆除空間重建。
目前協商結果，僅核定「大台北防洪模型修建費」2,600萬，但是，前揭大樓初估工程經費(含設計監造)高達1.67億元，受限新北市政府相關作業程序及國有財產法相關規定之「公有土地以無償撥用」為原則，可「有償撥用」經費僅0.57億元，仍短差1.1億元，故迄今因經費來源籌措尚待解決，且新北市政府業已電告安坑輕軌將於本(2016)年4月動工，保育事業組將面臨辦公空間何去何從之困境，亦需有另覓臨時辦公地點之額外考量，後續將持續與新北市政府溝通，齊力解決此問題。