金門、馬祖自民國38年，國民政府遷臺後因其地理位置特殊性，展開長達數十年戰地政務，隨著兩岸關係和緩，戒嚴及戰地政務之解除，才使得人們逐漸一窺迥異於台灣本島的觀光風貌，金門、馬祖亦以昔日戰地背景及戰務建設，與其獨特之風土人情、自然奇景等豐富觀光資源，兩地亦分別於民國84年（1995年）成立「金門國家公園」及民國88年(1999年)以馬祖列島為範圍成立馬祖國家風景區。
長期以來水資源的經營管理，為地區得以永續發展之重要課題，且水資源發展具有其區域特性與不可替代性，故分別針對金門、馬祖水資源特性及未來發展，概述如下：
金門目前公告之湖庫計有13座，
海水淡化廠1座，
自來水系統供水係由湖庫供水、
地下水及海淡水(依民國103年金門縣
自來水廠統計年報顯示，湖庫水、
地下水及海淡水供水比例為40%、58%及2%)組成，由於區域自然條件及人為因素，湖庫水資源因水質優養等因素影響供水能力，連帶造成金門倚賴
地下水資源甚深，致
地下水負荷甚重已嚴重超抽，部分區域
地下水已有惡化之虞，若不加以重視將影響金門整體未來發展。
鑑於前述問題，金門自大陸
引水政策自民國86年即開始進行相關規劃，並隨著環境變遷陸續辦理評估作業，行政院於民國102年核定「金門地區整體供水
改善綱要計畫」，隨之於民國104年7月20日由金門
自來水廠與福建供水公司簽訂供水契約，契約期限為30年，待正式通水後金門水資源將邁向不同里程碑。
未來大陸
引水後，預期將可滿足金門地區未來用水需求，亦即現況之地面水、
地下水資源應重新思考定位及管理措施，其中地面水源部分，俟大陸
引水達一定規模後可降低湖庫供水負擔，使其可輪流空庫進行清淤及水質
改善，部分老舊湖庫亦可辦理設施更新
改善，提高金門地區自有水源供水穩定性及供水品質；
地下水部分則應於大陸
引水前進行
地下水用水量普查、
地下水管制區劃設評估研究以及擬定地下
水管理計畫，同時落實
地下水井納管，確保區域
地下水不致持續惡化，以符合自大陸
引水最主要目標，水資源開發部分則應綜合考量水量、水質、供水成本、能源、環境保育等課題，並採用永續島嶼規劃理念以衡量水資源開發必要性。
馬祖四鄉五島目前計有17座湖庫及5座
海水淡化廠(南竿1、2期合併計為1座)，水資源各島獨立操作，受限於天然
地形條件，馬祖地區湖庫庫容普遍較小，
供水量小且調蓄能力較差，無法滿足用水需求，過去曾以船運水源方式紓解枯旱缺水情形，因此馬祖地區分別於民國85年及95年辦理「馬祖地區水資源整體開發計畫」、「離島地區供水
改善計畫—馬祖地區」陸續興建南竿、北竿、西莒及東引等多座
海水淡化廠，由民國102年
自來水系統總
配水量統計得知湖庫水源約佔47%，
地下水源約佔3%，海淡水佔50%，顯示馬祖地區供水仰賴海淡水甚深，故應對既有
海水淡化廠強化營運操作，適時進行機組更新
改善，維持
海水淡化廠穩定營運，另受限湖庫水質不佳，造成馬祖地區目前在湖庫水利用低及過度依賴海淡水情況，應加以
改善，提高湖庫供水。馬祖地區水資源未來朝向安全的基礎用水並兼顧追求水資源永續利用之目標，充分既有湖庫供水，調配海淡水最適產量，達到水資源有效利用。
金門、馬祖地區受限區域天然條件，面對極端
氣候變遷挑戰，除應加強既有水資源設施之營運管理，提高用水效率外，仍應參考國外先進國家經驗，積極推動
再生水、
雨水貯留等新興水資源開發，朝建構質優、量穩、永續之水環境目標努力。