底泥依其定義係指因重力而沉積於地面水體底層之物質，廣泛而言包括了
河川、
灌溉渠道、
湖泊、
水庫、埤塘、港灣等水體之底部沉積物均屬之，屬
水體環境重要的組成，其污染一般而言不易為人所接觸或直接誤食，但
底泥長期累積的
污染物質，則會經由食物鏈的累積與放大效應，對水生生物及人體健康造成威脅。
行政院環境保護署基於國內過去因為
底泥污染事件造成不同程度的人體健康危害問題，為維護
底泥品質以保護
水體環境及維護食品衞生，積極執行全面性污染
底泥管理工作。將
底泥品質管理相關規範納入「土壤及
地下水污染整治法」(以下簡稱土污法) 修正條文中，於99年2月3日公布施行。依相關規定，
河川、
灌溉渠道、
湖泊、
水庫及其他經環保主管機關公告之特定地面水體之目的事業主管機關應定期檢測
底泥品質狀況，與
底泥品質指標比對評估，送中央主管機關備查，並公布
底泥品質狀況等；於101年1月4日發布「
底泥品質指標之
分類管理及用途限制辦法」訂有
重金屬、有機化合物及農藥計41項品質指標項目之上下限值；102年7月15日發布「目的事業主管機關檢測
底泥品質備查作業辦法」則明訂各類水體
底泥採樣檢測作業之佈點規劃、檢測頻率、申報備查作業等相關程序，並自103年1月1日起施行。
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| 艾克曼採泥器 |
范恩採泥器 |
第五河川局轄管
北港溪、
朴子溪、
八掌溪與
急水溪流域，依前開相關規定並配合
水利署辦理之「103年度
中央管河川底泥品質定期採樣及檢測工作制度建立及第一期採樣計畫書之擬定與示範檢測計畫」之規劃，需於今(105)年辦理轄管
河川之
底泥品質採樣檢測及申報備查相關作業。
第五河川局已完成轄管之
北港溪水系（20個採樣、檢測點)、
朴子溪水系（12個採樣、檢測點)、
八掌溪水系（8個採樣、檢測點)、
急水溪水系（9個採樣、檢測點)主、
支流計畫採樣點之採樣、檢測及申報備查等作業事宜。