水域生態在中港溪之分布，主要受到水質、鹽度、水溫、河床底質與河川型態所影響。陸域動物在中港溪之分布，主要受到土地利用及植被自然度影響最大，而土地利用及植被自然度則受到海拔、地形、地質、氣候及交通等因子影響。
鳥類物種組成在河口地帶受到季節性影響很大，通常在秋末、冬到春過境期間的鳥類組成會較為豐富，包括多種鷸鴴科、鷺科、雁鴨科……等多種候鳥及過境鳥。
哺乳類在中下游地帶因為開發程度高，大多以蝙蝠類、小型食蟲目及囓齒目動物為主，偶爾可在較無人為干擾的草生地發現臺灣野兔；在中游地帶因植被自然度較高、人為干擾相對較低，較有機會發現一些中型哺乳類。
爬蟲類在中下游已開發區域大多以偏好向陽及開闊環境的小型蜥蜴、攀蜥、石龍子及適應人為建物的蝎虎為主，在河川及荒草地偶見蛇類及龜鱉類。兩棲類在調查範圍以無尾目之蛙類為主，在中下游的蛙類受開發影響，通常種類數較少，且以適應農田環境的種類為主，進入中游地帶，則蛙類組成較為豐富。
蝶類在中下游環境受農業影響較大，通常因為作物或綠肥種類單純，因此形成種類少但數量多的情形，此外，中下游之蝶類組成有部分是來自利用田邊及道路自生草本為食草的蝶類，再者則是一些遷移性較佳、數量較多的蝶類，較不受地域食草分布所侷限，進入中游地帶因植被多樣性較高，蝶類種類之多樣性也進而提昇。蜻蛉類中薄翅蜻蜓在夏末至秋季經常大量出現在下游河口至中上游環境。
本計畫調查在洄游生物方面，由河川棲地縱向連續受到橫向人工構造物(如固床工、防砂壩及水壩)阻斷，一些小型魚類及蝦類很可能是屬於陸封型族群。而日本絨螫蟹於調查現地訪問發現亦有放生族群。由調查結果來看，目前洄游性的生物在中港溪流域的分布可能受到河川橫向構造物的侷限。
水質分析方面，在較上游的河段及周邊開發程度較低的區域，河川汙染程度較低(如南埔大橋、壽昌橋、北埔冷泉、通安橋、蓬萊溪自然生態保護區、南河溪與東河溪滙流口及東河吊橋等)，而中下游開發程度較高的樣站，則水質汙染程度略高(如五福大橋、頭份大橋、平安大橋、南港溪與中港溪滙流口及十寮坑大橋等)。
.jpg)
魚類方面，代表未受污染水質環境的臺灣白甲魚主要分布在支流南庄溪(田美攔河堰)、支流大坪溪(北埔冷泉)及支流南河溪(蓬萊溪自然生態園區)，代表輕度汙染水質的臺灣石魚賓的分布較臺灣白甲魚廣闊，目前除了五福大橋、頭份大橋、南港溪與中港溪滙流口及十寮坑大橋外，其他樣站均有發現。
陸域動物中有部分物種之出現與溪流品質有關，就目前的調查成果來看，較上游的點位如北埔冷泉、壽昌橋、蓬萊溪自然生態保育區、通安橋等較容易發現上述的指標生物，且環境愈好，族群數量愈多，而下游河口的五福大橋附近，則仍保有豐富的河口濕地生態。