水利署及所屬109年度公務預算截至12月底止歲入歲出執行結果，109年度歲入執行率為130.92%，主要係收回以前年度補助地方政府繳回之賸餘款、工程有價料剩餘價值及電子採購領標工本費等較預期增加，致超收；109年度歲出執行率為93.71%，預算執行良好。
以前年度歲入執行率為3.54%，係違反水利法案件因行為人無能力、不願繳納或提行政訴訟，尚未繳納罰款所致；以前年度歲出執行率為86.30%，主要係部分工程已達請款進度，惟承商未提出估驗，施工中依契約規定留存之估驗保留款及工程結餘款註銷繳庫，致影響計畫預算執行。