流域綜合治理計畫緣於民國102年8月28日至9月1日康芮
颱風及其引進之西南氣流，於台灣中南部造成嚴重淹
水災情，且從民國95年7月開始實施之
易淹水地區水患治理計畫，將於該年(民國102年)底結束，地方政府期盼中央政府能持續補助經費辦理後續治水工作，行政院爰成立水患治理專案小組並提出
流域綜合治理計畫，以「國土防災」、「
綜合治水」、「立體
防洪」、「
流域治理」等面向作為治水策略的新思維。計畫期程自103至108年，總經費共計660億元；其中由
水利署辦理縣(市)管
河川及區域
排水改善經費為420億元，共計6年並分三期辦理。計畫目標為
改善淹水面積320平方公里、增加保護人口120萬人。
流域綜合治理計畫第二期治理工程於民國104年9月啟動勘評作業，共辦理全國18個直轄市、縣(市)政府提列之292件治理工程勘評審查。各件工程依「工程效益」、「保全對象」和「非工程措施之配合」等面向評估辦理之需求性，經專家學者現場勘評及檢討後，提報審查工作小組審議並奉經濟部核定辦理131件治理工程；總經費達89.5億元，其中包含工程費50.7億元、用地費34.6億元和橋梁改建經費4.2億元。
第二期治理工程執行計畫書已於民國105年4月22日報奉經濟部核定實施，預計
改善排水路約116公里；新建
抽水站9座，增加抽水能量38cms；設置
滯洪池9座，增加滯洪容量46.2萬立方公尺；縣道橋梁配合改建42座。第二期治理工程完成後，預期可
改善淹水面積40.5平方公里，增加保護人口35.4萬人。
水利署目前正積極督促相關縣市政府，趕辦治理工程用地徵收作業，並就無用地問題的治理工程趕辦施工，以期早日減輕水患對人民生命、財產所造成的威脅。