為強化內部控制機制，合理確保內部控制得以持續有效運作，
水利署依據「政府內部控制監督作業要點」相關規定辦理內部稽核工作。
鑑於
河川疏濬工程除可增加河道通洪能力，維護河防安全外，其疏濬產生之
砂石亦可作為營建粗細骨材之用，常有外界力量欲從其中謀求不當利益，故「
河川疏濬工程」之內控完備則相當重要，因此，
水利署於104年11月24日辦理「
河川疏濬工程」內部稽核工作。
「
河川疏濬工程」稽核重點如下：查核
水利署河川疏濬及
水庫清淤工程專案稽核報告中之檢討
改善情形，探究
河川疏濬制度有否持續貫徹，進而提昇外界對
河川砂石管理業務之觀感。
本次稽核採召開會議方式進行，由水利行政組相關同仁接受稽核，先由受稽單位許錫鑫科長就「
河川疏濬工程」項目進行簡報後，正式展開稽核作業，經查閱相關稽核書面資料，進行稽核人員詢問與受稽單位回覆。本次稽核工作獲益良多並獲稽核小組原則肯定，後續將依稽核發現、建議事項辦理追蹤
改善事宜。
此外，經由本次內部稽核作業，也讓同仁在相關法規熟稔度、作業流程簡化、業者低價搶標因應及外界質疑問題釐清，有更深一層之認識，未來將秉持著精益求精的態度，持續強化
河川疏濬，即時掌握疏濬動態，確保疏濬業務正常運作。