南區水資源局轄區幅員遼闊，從嘉義縣
北港溪以南包括嘉義縣、台南市、高雄市、屏東縣、澎湖縣至東部台東縣，所經管土地面積總計有3,181.11093公頃，因取得時間久遠又地處偏遠，囿於人力不足，管理不易，為能於最短時間內掌握轄管土地及使用情形，健全公有地管理，乃擬定「經管公有土地產權清查及被占用土地處理計畫」，辦理清查所管公有土地產權及處理被占用土地。
經由專業顧問公司建置之
地理資訊系統、
影像判釋、測量及查詢等功能之土地管理系統，輔助業務執行，發揮最速效率。以下是透過航拍
影像檔判釋有無被占用例示(表1)：
公務機關占用部分，
南區水資源局依據「各機關經管國有公用被占用不動產處理原則」，對有公用需要或為其主管目的事業需用者，儘速協調占用機關騰空返還或為其他適當處理。依據上述原則與國防部軍備局工程營產中心南部地區工程營產處協調，完成撥用計16筆土地。
另被私人占用者計有84筆土地，
南區水資源局依據「各機關經管國有公用被占用不動產處理原則」，應依民法第179條處不當得利規定，向占用者追溯收取占用期間之使用補償金，除有民法第129條規定之時效中斷事由外，自通知日前1月往前追收最長5年及往後收取至騰空返還日，並得同意免計息分期付款，期數由管理機關視占用者經濟能力酌情定之。
針對私人占用，
南區水資源局訂立一處理流程及成果如下：
一.至被占用地上樹立告示牌，拍照存證(如圖1)。占用人於期限內未與
南區水資源局聯繫，亦未清除地上占用物時由
南區水資源局現地拆清除。
二.若占用人與
南區水資源局聯繫者，限期拆除並追繳使用補償金。為能計算出使用補償金之金額，
南區水資源局須向當地轄管地政機關申請專案鑑界(圖2)，依據地政機關複丈後之成果圖所提供之各類占用物面積數據計算使用補償金額度。至105年止
南區水資源局所收繳之使用補償金總計新台幣87萬4,310元整。
三.占用人不繳交使用補償金或對土地界線有異議時，則再向當地地政機關申請鑑界，鑑界後占用人仍不繳交使用補償金及拆清除占用地上物時，
南區水資源局即向當地地方法院簡易庭提出民事訴訟或向當地鄉鎮區公所聲請調解，再依據訴訟判決或調解結果請占用人履行。本階段訴訟判決有1案，其中取得支付命令有3件、訴訟中有9案及已繳交使用補償金者有10案。
四.若占用人仍不依據訴訟或調解結果繳交使用補償金並拆清除地上物，
南區水資源局即可向地方法院聲請強制執行繳交使用補償金及拆清除地上物。惟拆清除地上物須先由
南區水資源局僱工辦理，僱工與執行等相關費用先由
南區水資源局支付，事後
南區水資源局再向法院聲請取得支付命令至占用人繳交為止，若占用人仍不願繳交使用償金時，其名下又没財產，法院會先由
南區水資源局取得債權憑證。
五.
南區水資源局每年透過向稅捐稽徵處查詢占用人繳稅狀況確認占用人有無收入或名下有無新登記之財產，回報法院後強制執行占用人所得或名下財產方結案。
南區水資源局轄下
水庫以
白河水庫及
阿公店水庫，建造較久遠，因地勢平坦故易生占用情事，為健全土地管理，展現公權力，在人力不足情況下，制定「經管公有土地產權清查及被占用土地處理計畫」，並依據「各機關經管國有公用被占用不動產處理原則」陳報經濟部列管35筆公用土地案，截至今年為止，僅剩2筆尚未排除，成果尚稱滿意。