河川、區域
排水及海岸等水岸環境經過多年計畫性治理，已有效降低水患潛勢。為落實生態工程永續發展理念，
水利署自98年起即逐年試辦
水庫、
中央管河川、區域
排水及海岸治理工程快速
棲地生態檢核作業，藉由施工前收集區域生態資訊，了解當地環境生態特性、生物
棲地或生態敏感區位等，適度運用迴避、縮小、減輕、補償等保育措施，納為相關工程設計理念，以降低工程對環境生態的衝擊，維持治水與生態保育的平衡。
水利署為持續推廣生態檢核機制，並落實於包含
縣市管河川、區域
排水及海岸環境，自今(106)年起配合即將推動之前瞻基礎建設-水環境建設，將工程生態檢核機制全面融入水岸治理工程。
水利署目前正進行工程生態檢核機制檢討，近期內即將邀集生態專家學者召開研商會議，除制訂「
河川、區域
排水及海岸工程生態檢核作業流程」外，並檢討目前施行之快速
棲地生態評估檢核表妥適性，期建立符合水岸治理工程
屬性之檢核表單。
此外，鑑於工程各生命週期生態檢核作業，宜由具有生態背景人員配合辦理生態資料蒐集、調查、評析，並協助將生態保育的概念融入工程方案，後續將推動針對工程主辦人員、施工廠商等進行生態檢核機制推廣與教育訓練，確保檢核機制如實反映現況
棲地環境，提供正確友善保育措施。另並鼓勵設計工法因地制宜、就地取材，適度減輕混凝土使用且採用符合
棲地營造之多孔隙設計，期在結合工程治理與生態保育觀念下，建構出治水、淨水、親水一體之水環境工程，達工程與環境永續經營之雙贏目的。