行政院為強化行政機關內部控制自主管理，105年12月30日特頒「政府內部控制聲明書簽署作業要點」，規定各機關應每年評估當年度整體內部控制有效程度，並出具內部控制聲明書，由機關首長與督導內部控制及內部稽核業務之召集人於翌年4月底前共同簽署，公開於各該機關網站之政府資訊公開專區。
另該要點規定各機關原則於內部控制聲明書聲明日前完成當年度自行評估及內部稽核工作，爰
水利署於106年8月18日召開106年度內部稽核及風險管理工作分組會議，研商106年度內部稽核及自行評估等草案，除邀集署內各組室參與外，並同時邀請所屬機關列席觀摩，希望藉由本次會議，儘速擬定署內「106年度稽核計畫」及「106年度內部控制自行評估計畫」，冀於今(106)年底前完成署內內部稽核與自行評估等各項工作，如期完成內部控制聲明書簽署。
會中同時報告去(105)年度
水利署暨所屬內部稽核執行情形，情況良好。因此，機關重視、支持及全體共同參與，是推動內部控制制度(包含內部稽核與自行評估)重要關鍵因素，透過內部控制監督機制，辨識異常跡象並追蹤改正，將內部控制融入機關日常作業中，才是確保機關正常運作不二法門。