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　　濁水溪水系曾於民國94、95年辦理河川情勢調查，為了解河川環境及生物特性之長期變化，以及近十年間河川治理之影響，第四河川局特規劃於104至106年辦理三年期之「濁水溪水系河川情勢調查」計畫，針對濁水溪流域主流、支流進行河川環境、生物與棲地等生態調查，並依據調查與分析成果，提出河川環境管理之建議及建置生態資源資料庫，供各界及工程單位規劃設計人員參考，以期降低未來治理工作對生態環境之衝擊。

　　計畫於三年內執行濁水溪主、支流共計29處樣站各至少4季度之調查，共記錄水域生物(魚、蝦、蟹、螺貝類、水棲昆蟲、浮游及附著性藻類等)216種及陸域動物(鳥類、哺乳類、兩棲類、爬蟲類、蜻蜓類等)210種，其中保育類動物有33種；另記錄植物530種。除依署頒「河川情勢調查作業要點」規定之調查方法，另於部分樣站進行紅外線自動相機拍攝及水下攝影以獲取珍貴之生物影像。依據調查成果進行生物歧異度分析、河溪環境快速評估系統(SERAS)分析，並提出陳氏鰍鮀、埔里中華爬岩鰍、林鵰、游隼、水雉等敏感物種棲地特性之分析探討。
　　計畫成果對濁水溪河川環境管理提出以下幾項建議：
　一、以土砂源頭控管配合適度疏濬清淤，維持河道蓄洪儲砂空間，以達預防災害發生之成效；
　二、進行工程規劃應多考量河川環境生態，避免破壞生態連續性、對環境及生物造成過大影響；
　三、在不影響河防安全之前提下，於水系支流適當地點堆壘塊石及卵石，增加棲地多樣性，達到水域保育功能；
　四、維持環境現狀、減少河道整修範圍及人為干擾，朝現地保育方向管理；
　五、下游河段建議在河岸多栽植人工林相、營造濱溪廊道空間，亦可兼顧抑制揚塵目的。

　　第四河川局將於後續治理及管理工作中，執行各調查河段重要議題及其對策。