現今是一個資訊化的世代，政府機關開發電腦系統簡化行政業務相當普及。行政院主計總處為降低政府機關開發作業基金會計系統之購置成本，開發作業基金會計系統（NBA系統），供中央部會機關使用。其功能包含預算書表、收支估計表印製，以及傳票登帳、制式帳表印製等一般通用性功能。
水資源作業基金係為辦理
水庫、
海堤、
河川及
排水設施之管理、清淤疏濬、災害
搶修搶險、相關人才培訓及回饋措施而設置，其會計業務除一般基金會計處理外，尚需就前列業務提供相關之控管與統計分析功能，致無法完全適用NBA系統，因此
水利署委商開發水資源作業基金會計系統，提供
水庫管理、
河川疏濬、
搶修搶險、保育回饋……等客製化功能供主計人員使用。
水資源作業基金會計系統除提供前述管理外，亦具有資料交換之設計。
一、與主計總處NBA系統資料交換：
將本系統登錄之預算、收支估計、傳票……等資料依據NBA系統的規範匯出，供匯入NBA系統，並利用NBA系統印製預算書、收支估計表、帳簿、月報……等制式書表。將來制式書表格式若有修訂時，可即時由NBA系統列印最新格式書表。
二、與出納單位之出納系統資料交換：
匯出傳票資料，供出納系統匯入運用，省卻出納人員重覆登錄之人力。
三、與綜合企劃組之委辦計畫管理系統資料交換：
匯入委辦計畫管理系統之委辦計畫資料，簡化主計人員輸入作業，再匯出會計系統執行數，供委辧計畫系統匯入運用。
以上功能設計，除可滿足
水利署業務管理需要，並能善用NBA系統功能，符合主計總處開發系統共享之目的；本系統資料與出納單位、綜合企劃組交換及運用更提昇了資訊運用效益，提高整體工作效率。