水權登記審查作業要點（以下簡稱本要點），業於106年12月12日修正發布，為依本要點修訂
水權登記手冊及
水權核辦系統，並訂於107年4月1日生效實施，本要點由原9點條文增訂為44點，將
水權登記從提出申請、受理申請、審查補正、履勘作業、公告、核發狀照等各階段程序予以明定，本要點修正內容及效益分述如下：
1.明定水權登記應檢附相關證明文件，全國一致性之規定，利於水權申請人備具文件申請，且其中部分文件於展限、變更、移轉登記，或由水權主管機關連線取得者免附，達到簡政便民之目標。
2.明定水資源聯合運用之原則，申請水資源聯合運用之數張地面水、地下水水權，得在總量內優先使用地面水，達到充分利用水資源之目標。
3.明定主管機關辦理水權登記，在受理申請、審查補正、履勘作業、公告、核發狀照等各階段程序及原則，讓主管機關核辦水權登記申請案件，有明確的標準作業程序及准駁依據，達到健全水權管理之目標。