為確保量足、質優、永續的水資源，營造安全、生態、多樣的水源環境，行政院於95年3月20日核定「水庫集水區保育綱要」，作為水庫集水區保育工作辦理依據，因為水庫集水區保育工作涉及政府機關眾多，該綱要將治理面及管理面清楚規定各機關扮演的角色及擔負的任務，並要求各水庫管理單位整合各機關工作提出具體的保育計畫。
目前全國水庫計有95座，水庫集水區面積總計約12,151平方公里，佔全國國土面積34%，幅員廣大，水利署為落實「水庫集水區保育綱要」規定，依水庫規模、供水屬性及災害潛勢，分四階段研擬水庫集水區保育實施計畫（如圖），其中第一、二階段計畫已自104年起陸續完成並奉行政院核定，第三、四階段計畫也陸續完成，並自106年7月至107年1月陸續完成審查，並陳報核定中，此外，為落實計畫執行，已核定計畫並已依計畫目標進行管制考核及成果提報工作。
水庫集水區保育工作涉及多個機關的權責，包括林務、水保、水利、內政、原民、環保、公路、農業及地方政府等，需要水庫集水區上、中、下游各機關間的通力合作，才能發揮最大的功效，因此特別著重各機關間的橫向聯繫與垂直整合，同時經由計畫的研擬與執行，深入瞭解全國水庫集水區所面臨的實際問題，然而水庫集水區保育工作是需要持之以恆的推動，未來水利署會持續關注並提出具體可行的保育治理策略與目標，以有效推動水庫集水區保育工作。