為維護
自來水水源水質，經公告劃設為水質水量保護區，區內土地利用及居民使用行為受到
自來水法第11條規定之限制，故享有水源保育與回饋費，以落實受限者得償之精神。該經費除優先辦理保護區內非營利之家用
自來水水費減半收取外，以水質水量保護區內辦理
水資源保育與環境生態保育基礎設施、居民公共福利回饋及受限土地補償之用為原則。
為使地方政府依規提報年度水源保育與回饋計畫，
水利署於102年研訂「水源保育與回饋計畫提報
分類表」以利地方政府遵循並減少執行疑義。另有關個人直接回饋項目，例如健保費、醫療支出、電話費、瓦斯費、有線電視費等，係補貼其實際支出之性質，故仍應以實際支出之額度，以做為補助之依據；惟為便民考量，各公所可洽相關公共事業協助提供居民實際支出之佐證資料，以簡化申請人應備程序。
另居民及各執行單位於辦理個人直接回饋事項，建議增加支用項目或增加說明，以符合民情所需、減少疑誤並符立法美意。鑒於水源保育與回饋費之運用應兼顧保育與回饋，為使水源保育與回饋費發揮促進公益、維護居民權益，爰增訂「遷離補助金」、「交通補助費」及「原住民生活艱困家庭扶助金」三項支用項目。
水利署十餘年來持續引導地方政府辦理水源保育與回饋計畫，已初步獲得水源保育、偏鄉居民照顧及社會公平正義維護等成效。