雲林縣位於濁水溪下游南岸，因濁水溪水質混濁、流量豐枯懸殊，以往每日用水需求量26萬立方公尺全部來自地下水，民國95年（2006） 4月林內淨水場啟用後，雖可由濁水溪集集攔河堰供應每日12萬立方公尺用水量，惟受原水濁度影響處理能力，無法穩定供水，不足部分仍需使用地下水。另沿海養殖用水大部分抽取地下水供應，造成大部分地區地層下陷，沉陷中心已由沿海一帶移至內陸地區。政府為減緩高鐵周邊地層下陷之速率，已執行高鐵沿線三公里封井計畫，受影響之水源亦須由其他水源替代。

湖山水庫施工情景

經濟部水利署經多年規劃及方案比較後，計畫於斗六丘陵西麓闢建湖山水庫，由清水溪引入豐水期餘水蓄存，以提供枯水期供水。完工後與集集攔河堰聯合運用，可為雲林地區提供量穩質優之地表水源，除可作為民生用水之替代水源以減抽地下水、緩和地層下陷及提升民生用水品質外，剩餘水量亦可提供區域發展用水。

湖山水庫是水利署第一次深化執行生態保育措施，除專案成立「生態保育執行委員會」監督生態保育工作外，也結合、尊重地方特色，化阻力為助力的水庫工程。

為確保水庫施工時兼顧生態保育工作，湖山水庫由政府機關、學者專家及民間團體各三分之一，組成生態保育措施執行委員會，負責水庫計畫生態保育措施的相關監督、審議及諮詢等工作。行政院特有生物研究保育中心並同意以行政協助方式，辦理森林、溪流生態系調查研究規劃及部分宣導工作；人文生態系部分，則商請雲林及南投縣政府協助辦理。執行單位中區水資源局則另委託專業廠商負責執行現地的生態保育工作，如人工濕地、生態圍籬、動物逃脫設施、人工巢箱、人工貯水箱、稀特有植物網室假植及移植、兩棲爬蟲類移地野放、生態造林試驗、保護區造林、保育宣導與解說，及相關設施保育成效之監測等，成果可謂非常豐碩，亦成為國內其他重大建設取經的模範。

生態保育措施執行委員會組織

而湖山水庫興建過程中，也樂於傾聽地方聲音，以「石頭公搬遷」為例。當湖山水庫蓄水後，位於淹沒區內且深受地方敬仰的「石頭公」將被淹沒，為保存重達176公噸的「石頭公」，在當地居民、社區協會及玉當山廟的協助下，由中區水資源局辦理遷移安座，將其搬遷至湖山水庫下游，讓地方居民可以永遠景仰膜拜。為求遷移過程中每個環節都能小心落實，就辦了6次會議討論，包括勘查現場地形地貌、了解「石頭公」位置，計算出石頭重量，選擇適合搬運機具GOLDHOFER自走式油壓拖板車，庫區內各承包商共同研議協調最適合搬運的路線，當天人員調度，則商請社區支援交通指揮等事宜。

搬移石頭公過程
搬移石頭公過程2

經過民國102年（2013）5月24日前置作業及5月25日一整日小心翼翼緩慢移動，越過填築中的湖山副壩。下午4點，巨大的油壓拖板車終於出現在社區道路，里長特別廣播請當地居民即時參與、見證安座的時刻，當「石頭公」順利的吊放在安座位置時，一夥人才鬆了一口氣，多人當場流下男兒淚，感動得說不出話來呢。

此外，湖山水庫大壩壩頂欄杆原設計採上下游封閉式的RC欄杆牆，因為有阻礙視覺的延伸效果，使得湖光山色與斗六平原的美麗丰采無法盡收眼底，經中區水資源局與在地人士共同討論，在確保大壩安全無虞的原則下，欄杆型式改採鏤空設計，造型融入周圍的自然環境及在地人文、生態元素；下游欄杆造型則採「山古」字設計，融合了水庫計畫範圍之竹山、古坑、斗六及林內等四鄉鎮市意象，也代表庫區下游湖山、棋盤、梅林及梅南等四村里，同時也有代表佛教萬字形象塑造祈福景觀，並有頭頂著青天、腳踏實地的健康意涵；上游欄杆造型則採「中」字設計，代表水利署與中區水資源局護衛水庫，塑造安全意象。同時將湖南壩下游封閉式的RC欄杆牆也改為建庫歷史長廊，讓參訪民眾藉由長廊能瞭解湖山水庫闢建歷史及當地的人文環境，沿著壩頂道路行走，彷彿訴說著湖山的過往，讓回憶仍能留在後世子孫心中。在欄杆顏色方面也突破以往單調色彩，融入在地豐富的農產特色，湖南壩位於咖啡聞名的古坑鄉，欄杆顏色採咖啡色；湖山副壩及主壩位於斗六市，在地盛產麻竹筍與文旦柑橘，欄杆顏色則分採土黃色及橘色。