民國98年8月莫拉克颱風重創台灣，造成中南部多處河川上游集水區的林班地及山坡地崩坍，大量泥砂土石嚴重淤積河川中、下游及水庫，已危及民眾生命安全。經中央與地方通力合作搶救，執行3年3期之「加強河川野溪及水庫疏濬方案」，達成率高達161%；但基於維護河防，後續疏濬工程不間斷，賡續推動「河川野溪及水庫疏濬後續計畫」，截至今(103)年6月，總計完成3億4,422萬立方公尺疏濬量，提升河川排洪功能，並通過每年汛期颱風豪雨考驗，尚無重大水利災情傳出。
921強震導致臺灣山區土石結構鬆散後，台灣又經歷多次颱風侵襲，尤其以93年敏督利颱風和艾利颱風最嚴重，造成濁水溪、大甲溪等河川中上游河床大量土石淤積、土砂災害頻傳。雪上加霜，98年8月莫拉克颱風帶來超大豪雨，終於導致中、南部中央管河川上游集水區多處林班地、山坡地崩坍。沖刷而下的大量泥砂土石，推估約有12億立方公尺，其中沖刷流至河川中、下游及水庫造成河道嚴重淤積地，約有2.5億立方公尺之多。
為維護河防、部落居住以及橋樑安全，經濟部結合跨部會及地方政府，加速推動莫拉克颱風災後河道疏濬工程。由水利署負責中央管河川疏濬，地方政府負責經管河川並協助中央管河川疏濬。另外，水利署、水利會、台電公司及自來水公司，也分別負責經管之水庫疏濬、農委會水土保持局及林務局負責河川上游野溪土石清疏工作。各單位分工合作，全力投入。而且，為加速完成疏濬目標，特別訂定了「加強河川野溪及水庫疏濬方案」3年3期計畫，以為惕厲。
由於各單位全力以赴，執行成績十分亮眼，101年8月，三年計畫不只圓滿，還超前達成目標，總計，整體疏濬方案1、2、3期，共完成2億5,410.6萬立方公尺疏濬量，遠遠超過預期的1億5,700萬立方公尺，達成率高達161.85％。而本於疏濬無間斷，滾動檢討河床淤積情形後，水利署決定持續推動疏濬工程，自101年9月起，「河川野溪及水庫疏濬後續計畫」接著展開，截至今年6月1日止，疏濬後續計畫又完成9,011.4萬立方公尺的疏濬量，進度超前。
災後為了加速疏濬效率，針對現場工作效率提升，也有因應的配合措施。例如：「增加土石運輸能力」是疏濬的首要之務；水利署分別採行施設河床便道並適時舖設瀝青、放寬便道載重限制、延長每日工時，以及開放例假日施工等多向性措施，在在都提高了疏濬能量，以災後迄今為例，全台總計鋪設200公里以上便道，如高屏溪水系約75公里、濁水溪水系約40公里及大甲水系約30公里等，使運輸效能大幅提升58％以上。
另不論以採售分離或採售合一的方式，疏濬工區，均施設管制站、地磅，進行載運管制，並配合24小時全程的影像監視，透過監管中心及遠端監控系統，將工區監視影像回傳；並利用衛星遙測系統，將河川監測流域變異資料，提供河川局查察轄管河川區域內的盜採土石或其他不法行為。如此，施行至今，疏濬工區已未發生盜採案件，至中央管河川區域內之盜採砂石件數已由90年132件，逐年降至100年7件、101年4件、102年4件，顯示砂石管理與盜採防制顯具成效。
為降低疏濬作業對當地交通環境衝擊，在疏濬工區，設置洗車設備沖洗出入的砂石車，針對砂石車行駛路線進行灑水，並在河川區域，施設運輸便道，供砂石車行駛，以減少市區交通流量及揚塵，以確保民眾行的安全及空氣品質。
水利署歡迎全民一起督工，如有發現河川砂石盜採、環境污染、砂石車違規等情形，可撥打水利署免付費通報專線電話0800-009-609或直接通知當地河川局、警察機關反映或洽水利署或河川局檢舉，或於水利署「河川便利通」網站(http://iriver.wra.gov.tw/index.aspx)「河川監控」項下「我要檢舉」視窗中逕行舉發或下載「愛河川拼獎金」APP以智慧型手機隨時監控舉發，以共同打擊不法行為，維護河川環境安全。