水利署為了公開、公正及透明並掌握委託服務計畫的品質，自92年1月16日訂定「經濟部水利署及所屬機關委託服務計畫作業要點」（以下簡稱本作業要點），規範水利署暨所屬機關辦理委託服務計畫案件各階段作業原則，迄今已經修正15次。為符合現況運作機制，以及行政院公共工程委員會（以下簡稱工程會）最新函示及政府採購法相關規定，於109年10月22日第16次檢討修正。
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作業流程圖1
修正最有利標評選作業相關規定，預防採購行為錯誤態樣
水利署暨所屬機關辦理委託服務計畫案件時，最常採用公開評選或審查，評選優勝廠商的方式辦理，透過政府採購法的規定選出合適廠商，關乎委託服務計畫後續辦理品質的好壞。依工程會整理的最有利標錯誤行為態樣中，羅列評選時常見的錯誤行為態樣有：「同一評選項目，不同委員之評選結果有明顯之差異時，召集人未提交委員會議決或依委員會決議辦理複評」，「工作小組就受評廠商資料擬具之初審意見內容過簡，未載明受評廠商於各評選項目之『差異性』；或僅載明投標文件之頁碼」等。為了預防此類情形發生，本次依據工程會最新函示、範本及最有利標作業手冊等相關規定，修訂原有的採購評選委員會的會議紀錄範本，將不同委員之評選結果有無差異及有差異的處理情形、評選委員會或個別委員會評選結果是否與工作小組初審意見有異等項目明確列為應載明的事項；此外強化工作小組應當扮演協助評選的角色，修訂工作小組初審意見範本，應將受評廠商服務建議書於各評選項目之對應內容及差異性，包含如投標文件內容摘要及差異分析、優點、缺點及建議洽廠商說明事項，確實擬具初審意見，並應出席會議報告，以提供評選委員參考。同時增訂採購評選委員會會議議程表，以利評選會議按程序順利進行。
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作業流程圖2
落實資安、避免不當限制競爭與審理委託服務計畫辦理的必要性
水利署暨所屬機關每年辦理委託服務計畫案件多，如何決定計畫辦理的必要性且避免集中於特定廠商辦理，所以本次修正將比對歷年高相似度計畫納為委託服務計畫初審階段討論重點，避免重複辦理相同議題的委託服務計畫案件；並且規定委託服務計畫中應敘明以往相關研究與計畫名稱，供有意投標廠商參考，透過資訊公開透明，避免衍生不當競爭情形。另外，隨著資通訊、物聯網等技術發展，本署亦常有與資訊系統相關的案件類型，資安更是成為近期重視的議題之一，為達資安要求，規定凡是涉及資訊系統規劃、開發及維運之委託服務計畫，需依「水利署及所屬機關資訊相關系統開發與維護注意事項」及將〈委託資訊服務附加條款〉納入契約辦理。