原「河川治理基本計畫訂定程序」、「區域排水治理計畫訂定程序」自98年4月9日修訂與執行至今已逾9年。近期配合水利法與相關行政程序修正，歷經多次會議討論，已在107年11月13日函頒。本次修正內容大致如下：
1.名詞修正：
配合水利法修正，將「河川治理基本計畫」修正為「河川治理計畫」、「堤防預定線」修正為「用地範圍線」，並配合修正審議小組名稱。
2.地方說明會召開時機修正:
原程序規定中央管河川、排水於規劃階段召開1次地方說明會，惟水利署自推動易淹水地區水患治理計畫以來，縣市管河川、排水皆規定於規劃階段召開2次地方說明會。考量提早收集地方意見加強與地方溝通，故修正中央管河川、排水比照縣市管，於規劃階段召開2次地方說明會，治理計畫則精簡於送署審議前召開1次地方說明會。
3.中央管河川、排水治理計畫減少送署審查次數：
原治理計畫訂定與審查程序為，完成初稿→召開地方說明會→送署審查→修正後再開地方說明會→送署審議，本次修正為完成初稿→召開地方說明會→送署審議。
4.與規劃差異說明：
過去於擬定治理計畫過程中，常因地方意見或時空變遷等因素，致治理計畫與規劃報告或規劃檢討報告間存有差異，此時需於治理計畫訂定後再辦理規劃(檢討)報告修正。考量部分修正幅度較輕微，不涉及規劃方案改變者，本次修正以檢附差異說明方式，減少修正規劃(檢討)報告之行政程序，並於附件訂定「差異說明」之格式。
5.因應水利法修正：
配合水利法於107年6月20日修正增訂「逕流分擔與出流管制專章」，依水利法第八十三條之二，逕流分擔之推動需報中央主管機關核定公告後實施。爰治理計畫與逕流分擔計畫有扞格時，治理計畫須配合修正，故本次於程序第四點治理計畫或用地範圍線需修正之原因，加入「配合逕流分擔計畫訂定」。
6.增訂用地範圍線局部變更之規定：
原程序第四點係訂定因水道變遷或其他因素無法依已核定公告之用地範圍線圖施工，或其他因素須變更核定公告之用地範圍線圖者，應依第二點及第三點有關規定辦理用地範圍線圖變更或局部變更，本次修正增加說明治理計畫需修正之時機，另如無涉原核定之治理計畫修正，僅辦理用地範圍線局部變更者，應檢附局部變更說明書及擬變更之圖籍，並於附件增定變更說明書之格式。而河川之局部變更已另有頒訂「河川水道治理計畫線及用地範圍線局部修正作業注意事項」，則依該規定辦理。
7.急要段先行審議：
原程序規定：「尚未完成治理計畫，但急需辦理整治者，得就該河(渠）段先行依核定之工程計畫，編製『治理計畫堤防預定線（用地範圍）圖』函報水利署提請審議小組審議」。為使前述審議作業順利，爰增訂「急需辦理整治段用地範圍線先行劃設說明」格式，用以取代治理計畫。以期能加速急要治理段之用地範圍線審議與公告。
該急要段劃設說明重點，在瞭解急要段位置、相關規劃方案、工程核定內容與文號，提送審議範圍應包含急要整治段上、下游各500公尺之用地範圍線劃設，上下游500公尺部分以虛線標示（如圖一），俾瞭解未來銜接情形，送審前亦需辦理地方說明會，向相關利害關係人說明規劃內容、工程內容、土地使用情形。
水利署刻正推動「前瞻基礎建設計畫-縣市管河川及區域排水整體改善計畫」，為辦理水患改善而集中資源加速辦理相關治理工程。不同於過去「易淹水地區水患治理計畫」及「流域綜合治理計畫」皆有排除水利法第82條規定，工程所需用地得逕行辦理徵收；而「縣市管河川及區域排水整體改善計畫」並未排除上開規定，故所核定辦理之治理工程，各縣市政府需依水利法第82條規定，公告用地範圍線後，方能辦理用地徵收作業。本次修正治理計畫訂定程序第六點，希望透過增訂「急需辦理整治段用地範圍線先行劃設說明」加速用地範圍線公告作業，使用地順利徵收、工程能順利執行，儘早達成提升防洪排水基礎建設之目標。