林園紅樹林臨近林園石化工業區，環境品質不良，引起政府與民間重視高屏溪口的環境保育工作，結合環保人士與民眾熱情投入，有計畫的在高屏溪出海口復育紅樹林，教育民眾落實保護環境。林園人工濕地自民國83年開始試種，84~90年間持續復育及推廣，原本由中芸國小復育管理，現由林園紅樹林保育學會依第七河川局之標案管理維護。原本面積約4.5公頃，經汛洪洗鍊、颱風肆虐，約剩0.8公頃，第七河川局持續修築丁壩後，新的潮間帶又增加了大量的面積，持續計畫復育紅樹林。
棲地類型，大致區分成灘地、高草地、樹林（紅樹林和雜木林）、人工綠帶等四大類：
灘地
淤砂形成的灘地為水域底棲生物(蟹類、螺貝類、彈塗魚等)的主要棲息環境。灘地面積較小，且易受大水影響消失，爾後再慢慢回淤，目前屬變動性較高的棲地，丁壩及消波塊提供物理性的回淤條件，但仍需由上面植被慢慢穩固灘地的土砂，因此灘地的植被復育顯得相當重要。
高草地
本區域灘地在2009年莫拉克風災後遭大水沖蝕，2012年丁壩完成後重新回淤形成灘地，部分區域進行紅樹林復育其他則讓植物自然演替，全區的植被以高草地覆蓋的面積最大，主要植物有象草、白芒、蘆葦、大花咸豐草、巴拉草、甜根子草及鋪地黍鑲嵌而成，混生馬鞍藤、含羞草、濱豇豆等植物。具有減緩洪水淘刷保護堤防的功能，同時提供褐頭鷦鶯等偏好草地的鳥類活動及棲息。
樹林（紅樹林和雜木林）
人工復育之紅樹林，在莫拉克颱風前面積曾高達4.6公頃，風災後大幅縮減至0.28公頃。種類主要為海茄冬，散生水筆仔、紅海欖、海茄苳及欖李等。另外有欖李小苗，但尚未成林。紅樹林區有之前挖設的潮汐溝，配合紅樹林的根系，提供蟹類棲息。丁壩回淤灘地上除了高草地外，已有高約2-3公尺高的雜木林，包含構樹、楝、欖仁、雀榕、茄苳、銀合歡等喬木，生長快速與紅樹林有競爭關係。
人工植栽
種類以原生植物為主，如水黃皮、棋盤腳、穗花棋盤腳、黃槿、台灣欒樹，以及部分景觀樹種如鳳凰木、雞蛋花等，維護得宜樹勢健康，與天然的濱溪植被串聯成綠帶，提供鳥類、爬蟲類、昆蟲等動物棲息。
本河段已有民間團體長期經營，就環境改善角度，應與其發展願景相結合，以復原濕地生態為主、景觀休閒為輔，保育原則如下：
(1)紅樹林復育：
工區內現有的紅樹林係為多年人工栽植復育，且歷經莫拉克沖毀後重新復育之成果，紅樹林可攔截泥砂、擴大灘地並減輕風浪對於河岸的直接衝擊，具有維持、穩定河岸的功效，潮汐溝的挖設即以人工手法營造紅樹林適合環境。
(2)雜木林與紅樹林的競爭：
灘地上的構樹、苦楝等喬木生長速度較紅樹林植物快，可能不利紅樹林復育，除引入潮水外，在潮汐溝周圍需修整其他喬木樹幅，提供紅樹林生長空間。
(3)外來種植物阻礙紅樹林生長：
樹林的林緣有強勢外來種美洲含羞草生長，可能會影響紅樹林的拓殖，植物上的勾刺也會影響動物利用樹林；另有部分紅樹林植株受到小花蔓澤蘭或其他藤蔓類植物的纏繞，可能會阻礙紅樹林的生長甚至存活，應特別注意並處理。
(4)河口為冬候鳥重要棲息範圍：
文獻蒐集結果及重要野鳥棲地之記錄皆顯示，高屏溪沿岸灘地具有可提供冬候鳥覓食、休憩之功用，因此每年秋冬季會有大量冬候鳥聚集在此，雖然工區的灘地面積小，非主要棲息範圍，但仍需注意施工過程對河口候鳥的影響。
(5)紅樹林蟹類族群復育：
林園人工溼地在莫拉克風災前原有豐富的蟹類資源，因風災棲地毀損，目前在丁壩間養灘及紅樹林復育工作後，陸續有弧邊管招潮蟹、凶狠圓軸蟹等蟹類利用，潮汐溝營造時可能會干擾其棲地，但工程目的之一係為復育紅樹林，其根系生長之泥灘地可提供蟹類食物及棲所，未來有助於蟹類族群恢復，但需持續觀察其成效。