為確保永續的水資源，經濟部刻依據「水庫集水區保育綱要」規定，透過各水庫集水區保育實施計畫之研擬、保育措施之推動及橫向機關之協調整合，落實水庫集水區保育工作。
水庫集水區保育計畫之研擬，首重集水區保育問題診斷，該項工作需考量水庫集水區地形地勢、地質土壤及降雨等天然條件；經濟、社會及人文等情況；水利設施型態及水庫功能等，在充分了解水庫集水區背景條件，並具備集水區歷年完整資料，即可進行保育問題診斷，才能評析了解水庫集水區內主要面臨的問題。目前台灣水庫集水區主要問題為土砂入庫影響庫容、水質優養化或兩者兼具，透過問題的產生，據以訂定保育計畫目標，接著為達成計畫目標，則需擬定中長程計畫工作，透過分年分期保育工作執行，來達成預定目標。
以鯉魚潭水庫為例，該水庫為離槽水庫，由士林攔河堰引水進入鯉魚潭水庫中，經由保育問題診斷，發現在土砂部分，本庫上游崩塌面積少，影響庫容較輕微，但士林堰越域引水部分因進水流量含砂濃度較大，會影響鯉魚潭水庫供水問題，因此建議在進水含砂濃度較大時，應避免引水；水質部分，因鯉魚潭水庫集水區位在精緻農業區範圍，農業肥料及農藥的使用，造成水庫水質優養化趨勢(圖1)，為避免此問題惡化，建議導入集水區低衝擊開發設施(Low Impact Develop, LID)設置(圖2)，在農地排水路末端未耕種區域設置攔砂池使細粒料泥砂和懸浮固體落淤沉澱，再配合草溝、植生滯留槽和小型人工溼地削減營養鹽，以達水質改善之目的，更營造友善生態環境，期能提升水量、水質，讓用水不虞匱乏。