水利署及所屬108年度公務預算截至5月底止歲入歲出執行結果，本(108)年度歲入執行率為51.40%，主要係
中央管河川區域使用審查案件、
水權履勘、
河川公地勘查等審查費及
水權狀費、
河川公地使用許可書證費等證照費申請件數屬預估性質無法預估正確數，收回以前年度補助各縣市政府繳回之賸餘款、工程圖說及招標文件收入等較預估數少所致；本(108)年度歲出執行率為77.75%，主要係離島地區用水差價補貼因金門縣政府補助金額計算有誤，影響付款作業時程，及金門縣
自來水廠因預算尚未完成法定程序，爰未向
水利署請撥款項；另
重要河川環境營造計畫部分工程已達請款進度，惟承商未提出估驗及施工中依契約規定留存之估驗保留款，致影響計畫預算執行。以前年度歲入執行率為0.89%，係違反水利法案件因行為人無能力、不願繳納或提行政訴訟，尚未繳納罰款所致；以前年度歲出執行率為72.18%，主要係
湖山水庫工程計畫、
重要河川環境營造計畫、區域
排水整治及環境營造計畫部分工程履約爭議經費需視法院判決確定金額後始能撥付；部分工程已達請款進度，惟承商未提出估驗及施工中依契約規定留存之估驗保留款等，致影響計畫預算執行。