為健全水井管理機制，行政院100年8月16日核定「雲彰地區地層下陷具體解決方案暨行動計畫」首於雲林、彰化地區進行各標的水井清查，再予以分類、分級，再依環境敏感程度及替代水源取得條件，規劃管理、管制計畫，循序納管或處置，以兼產業用水需求、民眾生計，並顧及地下水水資源保育條件，逐步降減地下水超量抽用對地層下陷之負面效應；嗣後宜蘭縣、臺中市與高雄市、屏東縣亦依相關法令規定辦理水井納管申報、複查、輔導合法作業中。另為期建構公平管理環境及建立政府施政公信力，水利署於行政院核定「地下水保育管理計畫」項下編撥經費補助地下水管制區各直轄市及縣市政府推動違法水井管理處置工作，加強違法水井查處及封填。
違法水井查處及封填
違法水井查處係採多元管道方式辦理，以遏止違法水井持續增加，措施包括：(1)補助地方政府提高巡查人力，加強巡查作業；(2)地下水管制區提供檢舉獎金，鼓勵民眾檢舉；(3) 加強工廠水井查察：依據「地下水管制區工廠內水井查察與處置作業原則」辦理，核對工廠用水量及排放水量，以水平衡關係查核是否使用地下水，並至工廠現地查察；(4)臺電公司查獲竊電案件通報：各縣市政府每月依臺電公司通報查獲漁塭竊電/違章用電資料中疑似有水井者優先赴現地查察，倘確實發現違法水井，即依法裁處；(5)遙測衛星偵測變異點查核：依據內政部國土測繪中心通報全國性土地利用變遷偵測作業之變異點資訊判斷是否有新增違法水井；(6)各目的事業聯合稽查：配合各目的事業聯合稽查進行水井查察與處置。
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高雄市辦理納管水井複查宣導海報
雲林縣世界海洋日活動擺攤民眾踴躍
水利署持續編列經費補助臺北市、新北市、桃園市、苗栗縣、臺中市、彰化縣、雲林縣、嘉義縣、嘉義市、臺南市、高雄市、屏東縣、宜蘭縣及澎湖縣等共14個地下水管制區縣市政府辦理違法水井處置工作，於107年度計完成345家工廠查察作業，完成水井填塞口數計有861口，超過年度目標800口，達成率達107.6%。此外，為兼顧宜蘭特殊產業及確保地下水補注區之地下水資源永續利用，107年度宜蘭縣政府針對員山鄉特定養殖區進行空拍查察作業，後製影像檔提供縣府研判養殖區現況，協助縣府查察養殖面積，防止超抽地下水之行為。