水利署與林務局於108年8月簽署「國土生態保育綠色網絡合作協議」，合作改善河川生態，配合政府推動的國土生態保育綠色網絡建置計畫，將廊道串聯、生態棲地功能提升，以達成水環境及國土生態綠網的永續發展的目標。
因此第九河川局於109年辦理「馬佛溪河川生態廊道與國土綠網串聯規劃」，選定馬佛溪及花蓮溪上游河段，此處也是林務局花蓮林區管理處針對中央山脈與海岸山脈之間，指認的重要生態廊道串聯處，其中一處為大農大富平地森林園區。第九河川局與花蓮林管處合作，辦理馬佛溪河川生態廊道與國土綠網串聯規劃。
現場說明情形
目前第九河川局已進行多處生態廊道改善方案的初步規劃，並於110年4月6日舉辦現地踏查，邀請花蓮林管處黃群策處長、林業試驗所陳一銘老師、專家學者以及公路總局、台糖公司等單位參與，說明現階段規劃方向與內容。
現場說明情形
此次踏查共三處地點，分別為大和溪與花蓮溪匯流口、花蓮溪上游以及馬佛溪上游等處。各處皆有水利構造物生態化、提升棲地品質以及河相恢復加強河川功能等議題，由第九河川局與規劃團隊以空拍圖、規劃成果示意圖，針對所涉及課題，搭配現地環境進行說明具體改善目標，及短中長期的階段性對策。
根據現勘過程及會後討論，凝聚出第九河川局、花蓮林管處、專家學者等三方的共識，做為後續執行的方案，預期達成棲地串連與棲地品質提升的目標，工程面則兼顧防洪安全、河道環境管理，符合藍綠串連的願景。