用水計畫書審查制度，是由開發單位在各目的事業主管機關之審議階段，依據包括區域計畫法(第15條之2第1項第4款)、水利法施行細則(第46條第1項)、開發行為環境影響評估作業準則(第11條)及非都市土地申請新訂或擴大都市計畫作業要點(第6點)規定，要求開發單位提出用水、供水之同意文件，而由水利署秉承經濟部權責，依據經濟部「用水計畫書審查作業要點規定」對開發單位提出之用水計畫書執行審查工作。
統計自82年開始審查用水計畫以來，至102年度底為止，經審查核定之用水計畫書案件達622件，其中工業類254件及民生類368件，其核定水量總計為432萬5,218CMD，其中工業類387萬589CMD、民生類45萬4,629CMD(工業類佔總用水量89%)。
由於近年來台灣地區優良壩址越來越少且開發不易，當前水資源開發政策之管理工作相對更形重要，各開發案用水計畫書之審查與後續之追蹤，亦是掌握未來用水需求之重要措施。依據經濟部「用水計畫書審查作業要點」規定，為了解已核定各開發案用水計畫書之實際執行現況，得針對原核定計畫用水量或節約用水相關承諾事項進行查核，督導追蹤開發單位之用水及節水現況，以適時反應開發單位實際現況用水、節約用水措施及回收率之執行情形，做到有效掌握區域水源開發與調控，促進國家整體水資源之有效利用。
本署自92年起開始辦理已核定用水計畫書之查核工作，統計至102年度完成之查核案件共計1,404件次。其中102年度查核對象，為截至101年底以前已核定用水計畫書用水情形共選取計畫用水量達300立方公尺以上者共175案次，除先要求各開發單位申報更新用水情形，並針對申報用水與原用水計畫書有不符或有疑義者，分區召開3場用水計畫書查核結果及差異分析審查會議，並對「桃園科技工業區開發計畫」、「大林電廠更新改建計畫」、及「南部科學工業園區管理局高雄園區」等3件開發案進行現地查核。
經102年度查核後，依據各開發案開發進度、廠商進駐情形或預估產量等之現況進行用水時程變更，共廢止「新竹科學工業園區宜蘭園區五結中興基地開發計畫」等8案，廢止之終期用水量共計13萬6,438CMD；另核減「桃園科技工業區開發計畫」等6案之終期用水量共計4萬9,463CMD，核減水量共計18萬5,901CMD。
未來一定用水量之開發案，用水計畫將列為開發許可之要件，為取得法源，正朝修改水利法的方向進行。