防疫期間，公共建設並未因此而停擺，堅守崗位的公務人員仍守著全國各項重大建設，水利署執行的公共建設，擔負著防洪、公共給水及優質水環境等重責大任，與民眾息息相關且能提振整體社會經濟作用，當各項會議改以線上討論的時候，仍有一群人到工地現場，看顧著工程進行、品質與進度，除了水利署督導人員外，還有「第一線的工程人員」。
在疫情嚴峻考驗下，水利署及各所屬機關工程查核與督導，參酌疫情指揮中心公布之相關因應指引內容，增加必要之防護及管理措施，以避免傳染風險，如以南區水資源局來說，施工進度檢討會增設隔板；第七河川局將工程督導移到室外舉行（符合保持通風要素）；第四河川局主動調整出席人員座位間距，保持安全社交距離；第三河川局查核時，主動辦理各項防疫作為-量體溫、酒精消毒手部、全程戴口罩及簽到造冊備查等，均符合各項防疫措施作為，並受工程會查核列入優點項目，未列舉的機關也在防疫上不缺席。
行政院公共工程委員會及經濟部針對公共工程防疫指導原則如下﹕
一、增加必要之防護及管理措施﹕ 公共工程履約期間，視個案工程環境特性(例如：局限空間、地下室或空氣流通較差等)、工地現場勞工人數及作業型態(例如：工程規模大且施工人數多或單一工作面人力密集等)及其他可能之傳染因素，並參酌疫情指揮中心公布之相關因應指引內容，增加必要之防護及管理措施，以避免傳染風險，及產生防疫破口。
二、因應嚴重特殊傳染性肺炎雇主聘僱移工指引（工程會）﹕ 為避免已入境移工發生群聚感染情事，增加社區感染風險，請加強移工防疫措施，兼顧落實雇主生活管理義務及移工休假權益，並以社區防疫安全為首要目標，相關辦法詳附件_移工工作、生活及外出管理注意事項。
三、公共工程因應COVID-19（武漢肺炎）相關防疫措施及注意事項（經濟部）﹕ 為降低COVID-19(武漢肺炎)群聚感染風險，請公共工程團隊務必做好下述防疫措施，例如：減少非必要人員參加、座位安排妥適距離、量體溫、酒精消毒手部、全程戴口罩及簽到造冊備查等。（詳附件_相關防疫措施及注意事項）
「工進在走，防疫要有」，水利署各項工程督導及檢討會議，均落實疫情指揮中心公布之相關因應指引內容，面對困難我們選擇正向防疫，持續把關水利署各項公共建設品質及進度，保障民眾身家安全。