南部地區降雨時空分布極為不平均，豐枯水期降雨量比為9:1。尤其近年來氣候變遷影響，豐則愈豐、枯則愈枯之情形日益明顯。以107年枯旱為例，曾文水庫蓄水量降至歷史低點，蓄水率僅剩2%，而後續僅8月23日一場豪雨即蓄滿水庫。因此，現階段對於南部地區於豐水期間，必須將每一場豪雨都視為最後一場，儘量蓄高水位並兼顧防洪運轉安全，以這樣謹慎的態度來因應未來嚴峻的供水情勢。
為因應109年上半年枯水期間用水需求，提前於108年9月25日汛期尚未結束，即召開南部地區供水情勢檢討會議，預為佈署因應措施及掌握各地區水情狀況，擬定豐水期結束前水庫調蓄策略，並協調各水庫管理單位，南部地區主要水庫包括曾文-烏山頭水庫及南水化庫，皆順利在108年9月底蓄水至95%以上之蓄水量。
進入枯水期後，高屏溪流域平均降雨量僅歷年3成，不僅甲仙攔河堰流量下降，可引進南化水庫的水量較前一年度減少1,000萬噸，高屏堰流量更在3月初就降至歷史低點的9CMS，使得台南高雄水情同時拉起警報。在氣候條件如此嚴峻情形下，要順利度過枯水期，就必須靠靈活水源調度了。
自108年9月至109年5月底抗旱結束，長達9個月的期間共召開14次供水會議綿密把關水情，並於109年4月1日成立旱災應變小組，密集檢討並依最新水情狀況滾動檢討調整適當因應方案。以精緻管理及靈活調度，協調各相關用水單位，並依水利署日日監看機制，訂定水庫出水控管措施。
統計108年9月至109年5月底，臺南地區南化水庫較常態出水量減少4,160萬噸，利用高屏溪餘裕流量支援台南地區水量達1,736萬噸，並在高屏堰流量降至最低時，適時調度南化水量支援，台南高雄在互相調度支援情形下，得以度過本次枯旱危機。此外，農業用水在節水灌溉及水庫出水控管措施下，亦順利達成108年第二期稻作及109年第一期稻作供灌，整體抗旱過程，未因水情緊繃而造成民眾損失及社會恐慌，順利完成109年上半年抗旱應變作業。