有關將軍溪
排水幹線整治於96年起至101年陸續完成相關瓶頸段擴寬，目前正推動麻豆
排水擴寬
改善相關工程，鑑於麻豆
排水（橋頭港橋
下游集水區）
兩側因地勢低窪，沿線土地利用為魚塭及農業等使用為主，無法即時排除地表逕流，排水特性屬延遲排水，現有護岸多為土坡及部分老舊混砌石護岸，長年遭受漲退潮及豪雨沖蝕且部分高度不足，易造成洪水溢堤，亟需辦理整治；爰此水利署第六河川局依據「易淹水地區水患治理計畫第3階段實施計畫」，並參照「易淹水地區水患治理計畫」台南市管區域排水將軍溪排水系統規劃報告，辦理後續麻豆排水整治工程。
本計畫於101年起由麻豆排水中、下游匯流口(匯入將軍溪主排水)至麻豆區文瑞橋上游約1公里，整治河段約4.1公里，工程斥資3億7千萬元，以改善台南市麻豆地區與學甲地區免受淹水威脅。
截至103年1月底該河段已完成95%整治，預計103年3月底完工後，可降低將軍溪與麻豆排水水位，以達防汛保護標準，增加保護477公頃面積，保護鄰近台南市麻豆與學甲地區人口約2萬3千人，年減少損失金額約1億元，改善附近住戶與商家淹水之苦，並保障沿岸居民生命與財產安全。