為保障台灣地區人民
自來水用水衛生安全，
台灣地區公告劃定113處水質水量保護區，保護區內依法令規定限制、禁止諸多開發行為，雖可以保護水源不受到污染，同時也不利於當地產業發展，導致水源保育工作與產業發展二者衝突。而水利署為尋求滿足自來水水源需求、水質保護與保護區內經濟發展的平衡點，透過水源保育社區的推動，找出有意投入水源保育工作之組織與民眾，共同發掘地方特色，協助輔導地方發展，以達成水源保育工作與產業發展雙贏的局面。
本署自101年起，陸續於曾文水庫保護區的嘉義縣大埔鄉、南化水庫保護區的台南市南化區關山里、鯉魚潭水庫保護區的苗栗縣卓蘭鎮坪林里及大湖鄉新開村成立水源保育社區。嘉義縣大埔鄉結合曾文水庫保護區的山光水色，每年舉辦水庫觀光節，結合農特產展售、竹工藝展示、及釣魚比賽、飛行傘表演、音樂表演等活動，再現觀光人潮；台南市南化區關山里積極發展黑糖產業，因黑糖原料甘蔗幾乎無需使用農藥與肥料，對當地水資源環境保護有相當助益，連臺灣之光－吳寶春都指名使用關山黑糖；苗栗卓蘭坪林及大湖也興起有機自然栽種風，響應水利署無毒減藥的水源保育措施，搭配雨水貯留利用，「鮮」「淨」的農產是實至名歸的「水果之鄉」。
未來本署將持續透過水源保育社區的推動，振興地方產業、落實保護區水源保育工作、社區營造活動推廣、宣導正確水源保育觀念，建立與民眾互信溝通平台，創造保護區的土地有效利用、
水資源保育、居民生活三贏局面。