經濟部108年5月核定「濁水溪水系支流南清水溝溪治理計畫(第一次修正)」，第四河川局依據治理計畫辦理「南清水溝溪瑞田堤防防災減災工程」之推動。為落實工程核定、規劃、設計、施工及維護管理各階段之生態檢核機制，納入公私協力、民眾參與及資訊公開等建立與河川社群間的交流與互動平台，作為政府與民間共同推動河川規劃與治理基礎，讓河川治理目標與生態保護取得雙贏。
本計畫預計進行至少連續8季(兩年)之水域、陸域生態調查，並架設紅外線自動相機紀錄野生動物影像；透過現場環境與生態調查，繪製環境敏感區位圖及生態關注區域圖，供規劃設計、施工階段之生態檢核作業參考運用。另透過各階段之生態檢核工作推動，掌握工程施工前、中、後對生態環境之影響，以及所研提生態保育措施的執行情況。
本計畫至目前已完成五季次的現地環境與生態調查。於規劃設計階段，依據現場情況與生態調查成果研提對應的生態保育對策，並透過多次與設計單位溝通討論，確認各項生態保育對策落實於規劃設計方案。製作生態自主檢核表，供施工廠商每月進行自主檢查，並不定期稽核生態友善措施落實情況。工程於民國110年1月進入施工階段，於施工前辦理現地教育訓練，使施工廠商確實瞭解施工過程之生態友善措施如何落實與推動，亦已進行五次施工階段之生態友善措施落實情況稽核，確認施工廠商有落實執行生態友善措施。計畫辦理之說明會、教育訓練、工作會議、生態與環境調查內容、施工廠商之生態檢核、生態團隊之稽核…等資訊，皆可於中研院資料寄存所網站(https://data.depositar.io/dataset/e2e71)查詢。