三爺溪排水位於臺南市西南側，發源自臺南市永康區之大灣，為二仁溪的主要支流。集水區包括臺南市仁德區、歸仁區、永康區、東區及南區。三爺溪排水主流長13,130公尺，集水面積約62.6平方公里，直接匯入的大小排水路將近二十條，屬於坡降平緩的區域排水。
三爺溪排水系統淹水災害主要原因為通水斷面及堤岸高度不足，致使洪水漫溢，由三爺溪上游大灣排水附近的崑山科技大學、仁德交流道附近太乙工業區到中華醫事大學，長久以來都是臺南著名的淹水警戒區，故本段整治重點以增加渠道通水斷面為原則，配合仁德滯洪池及低窪地區抽排，以達區域排水之設計保護標準。
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平面圖
斷面圖-新設懸臂式擋土牆
斷面圖-鄰房段既有護岸補強
本次「三爺溪中下游治理工程(萬代橋至後壁厝排水口)一工區、二工區」主要為中華醫事大學段既有護岸高度不足及河道淤積清疏，故列入「前瞻基礎建設計畫-水與安全-縣市管河川及區域排水整體改善計畫」辦理改善，上游接近萬代橋區段採懸臂式擋土牆辦理護岸改建，下游接近中華醫事大學段因鄰近校舍大樓，採用既有護岸補強及河道清疏的方式辦理改善，此段改善合計1,622公尺，可有效保護該校學生及教職員生命財產安全。
完工後空拍
本區段已於110年1月完工，經過今年0731豪雨最大時雨量89.5毫米的考驗，對比106年海棠颱風最大時雨量86毫米，本次降雨並未造成該校的災情。目前三爺溪尚有17標案辦理改建中，期於111年底完成萬代橋下游全段護岸改善，減緩三爺溪流域長久以來的淹水情況。