自「全國水環境改善計畫」奉核實施後，除致力於親水、恢復河川生命力及生態保育外，就水環境體質（水質、生態）的改善更是執行重點。「水環境改善整體空間發展藍圖」則持續遵循全國水環境改善計畫之精神，期使每個案件推動都能符合恢復河川及海岸健康、重建其生命力之目標，並與週遭環境充分整合，確保資源投入發揮最高效益。
水環境改善整體空間發展藍圖規劃作業以縣市行政空間為規劃範圍、水系空間為主體，進行縣市水環境課題及價值潛力分析，透過民眾參與、資訊公開凝聚共識，並對齊各單位資源，擬訂「(縣)市水環境改善整體空間發展藍圖」，作為各縣市水環境改善之上位空間指導，藉由行動計畫循序推動改善河川水質、水文、河相、生物棲地等，以建構國家藍綠基盤（blue-green infrastructure），為民眾提供生態系統服務。
此外，空間藍圖規劃須扣合國土計畫與整體海岸管理計畫，實踐「基於自然的解決方案」，以生態保育或生態復育等措施，利用水域生態系統所提供之生態系統服務功能，解決社會挑戰，在提升生物多樣性的同時，找回人與水的親密關係，營造人與自然之平衡關係。進而從行動方案中，彙整具備最大生態系服務功能，或最具地方水文化潛力發揮，可做為水環境改善區域地標的案件，透過溝通平台形成共識，作為優先執行的亮點案件。
水利規劃試驗所於110年3～4月分別於北、中、南、東部辦理4場教育訓練及工作坊，讓參與者了解水環境改善空間發展藍圖規劃之精神及架構，後續由就工作坊及教育訓練與會者相關意見及疑慮，整理編製「水環境改善空間發展藍圖規劃」參考手冊(草案)及數位影片(https://www.youtube.com/watch?v=Qt8deceYIKI)，希冀提供各縣市政府辦理空間藍圖規劃時能有所依循。並為更貼近實務操作於110年9月7日辦理線上討論會，與會包括營建署、環保署、農委會等部會、各縣市政府、技師公會、各河川局等單位參與，共同為水環境改善空間發展藍圖規劃作業順利推動來努力。
另「縣市水環境改善空間發展藍圖規劃參考手冊(草案)」業於110年9月17日經水利署函頒公告，提供各直轄市、縣市政府辦理水環境改善空間發展藍圖規劃作業參考；本手冊函頒施行後，仍將視各單位執行情形滾動檢討修正，使「水環境改善空間發展藍圖規劃」達到作為各縣市水環境改善之上位空間指導為目標，讓每個案件推動都能符合恢復河川及海岸生命力之目標。