申請水權登記應準備1.申請書、2.申請人身分證明、3.用水範圍證明、4.引水地點土地同意、5.量水設備證明、6.水利建造物核准、7.需用水量計算資料、8.原狀照、9.用水紀錄、10.其他等文件，水權主管機關受理登記審查完成後，申請人如有文件尚未備齊，則敘明應補正文件，通知申請人限期補正，申請人如仍有部分文件無法提出，原則應駁回其申請。
因有部分申請水權登記應準備文件，需先取得水權始得向該文件主管機關申請，如國有土地租賃、漁業養殖登記證、水力發電廠籌設許可；或取得水權後才裝置量水設備，於水權取得登記時，無法提出相關證明文件，類此兩機關主管法規規定互為申請必備文件，兩主管機關如又堅持須先取得其他機關文件，則人民將無所適從，是以水權登記審查作業要點於106年修正發布時，將水權主管機關能依行政程序法第93條規定保留行政處分之廢止權，得先行核發水權，再限期補附之文件正面表列規定在第40點，舉凡用水範圍證明、引水地點土地同意、量水設備證明、溫泉開發完成證明等文件，除了私有土地引水地點土地同意文件於水權取得必需檢附外，其餘皆得在水權取得、展限、變更登記時，申請人未取得該等文件，經水權主管機關依法審查，無其他不應許可之情事，得先行發給水權狀，限期補正相關文件，主管機關保留未依限補正廢止權。
至於為何其他文件不能保留廢止權，水利法規定水權登記應填列各項內容，中央水權主管機關已依該規定制定水權登記申請書，水權人應依式載明，如未檢附則不符要式規定；申請人身分證明能確認是申請人本人所為，避免被他人偽冒身分申請；水權引水地點使用他人私有土地，雖屬民法規定之範疇，水權登記需檢附私有土地所有權人出具土地同意使用文件，係為避免水權人依水權狀內容於引水地點引水時，不致發生侵權行為，並確保水權核給之處分不致因引水地點土地使用之紛爭而無法有效執行；需用水量計算資料表列申請人事業所需，以及展限或變更登記應檢附原狀照、原水權核准年限按月用水記錄，皆為水權主管機關審查水權核給水源水量之重要參據，是以在水權登記審查完成前未檢附，主管機關應敘明理由駁回其申請。
水權主管機關為善盡職責，需依法審查水權登記應檢附各項文件，如有申請水權登記應準備文件，需先取得水權始得向該文件主管機關申請，或是主管機關需經一定程序始能核准之文件，都不是水權申請人能在水權登記審查完成前能檢附之文件，所以水權主管機關有必要引用行政程序法第93條保留行政處分之廢止權規定，先行核給水權同時限期水權人於6個月內補附應附文件，如期限屆滿前無法取得應補附文件，應敘明理由向水權主管機關申請展延，如申請展延理由充分，不限申請展延次數，充分給予水權人補附文件時間，達到水權主管機關完成水權登記法定任務，並提升為民服務、簡政便民之行政目標。