水利署辦理水利工程用地取得，經報請內政部核准徵收後，直轄市或縣(市)政府將配合辦理公告徵收，並於公告期滿後15日內發放補償費。
惟如土地所有權人有受領遲延、拒絕受領或不能受領之補償費，直轄市或縣(市)政府於發放期限屆滿次日起3個月內存入保管專戶。請所有權人儘速於期限內備齊文件向直轄市或縣(市)政府領取補償費，以維護本身權利。
如所有權人或權利關係人對於核准徵收案之公告事項有異議者，得依土地徵收條例第22條規定，於公告期間內向該管直轄市或縣(市)政府以書面提出。
倘權利關係人對於徵收補償價額有異議者，得於公告期間屆滿之次日起30日內以書面向該管直轄市或縣（市）政府提出異議，並於接受異議後應即查明處理，並將查處情形以書面通知權利關係人。權利關係人對於前項查處不服者，該管直轄市或縣（市）主管機關得提請地價評議委員會復議，權利關係人不服復議結果者，得依法提起行政救濟。爰所有權人對徵收事項或補償價額仍有疑義，可依前述規定時間內及程序提出，以保障自己合法權益。