台灣局部地區因地下水超量抽用衍生出許多國土資源損害問題，為掌握地下水水文及地層下陷情況，經濟部於民國81年起推動長達17年之「台灣地區地下水觀測網整體計畫」，統計至民國102年底，水利署已於全台各地下水分區完成約747口自記式地下水觀測站井之建置工作，並以水文地質調查、地下水觀測站井建立與運作管理、地下水資源經理與資訊系統規劃、重要地區地下水調查與補注試驗、地層下陷監測調查及地下水水質資料管理等為計畫重點工作內容，進行地下水相關試驗調查，蒐集長期且整體之地下水環境基礎資料。
由於地下水觀測井逐年建立之基礎資料日益龐大，為提升資料品質與後續加值應用分析成效，現階段本署地下水觀測網之推動方向，已由早期之「規劃建置」轉變成以持續維持觀測站網正常運作之「維護管理」為目標；又觀測井新建置之過程需評估諸多面向，包括用地取得、地下水流向及場址選定等問題，且鑿井金額所費不貲，因此，如何維護地下水觀測井，使其營運功能健全，以達永續利用之目的，相關維護管理工作是相當重要的課題。現行本署已規劃出觀測井之相關維護管理工作，其中各河川局主要負責例行性工作，包括地下水位觀測資料收錄及上傳、觀測站井周邊環境維護等工作；而本署除進行地下水質採樣檢測分析外，亦同時藉由抽水採樣過程達到觀測井初級維護保養之目的。
另佐以地下水觀測井井體攝影工作，達維護管理之主要目的，也就是透過井體攝影影像判斷所有觀測井內部實際情形，再藉由井體清洗維護管理工作，去除觀測井井體內部之積垢、微生物及沉砂等可能影響地下水觀測井功能之物質，以確保觀測井正常之功能運作；另外，針對特殊情況如井體扭曲變形、井管銜接處脫落、濾管破裂或井中有異物之觀測井，考量其情況是否影響地下水位觀測工作，若觀測井仍能正常功能運作，維護時則以井管套補、異物移除等工作來改善之；其餘觀測井若已確實無法達到正常之運作目的，則應進行汰舊換新之工作。