經濟部目前依據行政院核定「地下水保育管理暨地層下陷防治第3期計畫(110～113年)」，逐年編列專案經費，持續推動辦理地層下陷防治相關之水土資源保育工作，其中為協助地方政府落實水井管理及地下水合理利用，除補助各地下水管制區縣市政府辦理未登記水井處置作業外，亦補助雲林、彰化、宜蘭、嘉義等縣、臺中、臺南、高雄等市辦理未登記既有水井納管作業，以掌握水井數量與使用狀態，以及提供民眾檢舉地下水管制區新增違法水井獎勵；而各地方政府目前亦藉由工廠查察，漁塭竊電通報、聯合稽查等多元管道，加強水井現地查核，目前已有相當成效。
掌握水井數量與使用狀態
水利署(以下簡稱本署)為協助雲林縣政府及彰化縣政府加強其轄內納管農業水井之輔導管理，除持續與該二縣府保持良好橫向聯繫與交流外，並透過分析相關納管農業水井資料及現地使用情形，發現農業水井主為獨立電表，且用電量與用水量成正相關，故本署已依據該理念擬定「以電管理」之作業草案供二縣府參辦，該作業草案主係透過分析納管農業水井前十年之用電資料與當年度之用電情形作比較，如有用電情形持續增加達一定標準者，則啟動分階段之輔導機制，以減少農業水井取水量。
本署已將以電管理作業草案及相關分析資料提供雲林、彰化二縣府參考，目前二縣府考量轄區產業發展、水資源及水井條件狀況不一，為減少政策推動後，發生民眾不了解或誤解政策理念，而產生反彈之情形，二縣府今年度將先針對高鐵沿線及大用電農業大戶進行訪視，除適時宣導政策理念外，並透過溝通及意見交流，掌握民眾想法，俾利研擬後續推動之方式。
透過溝通及意見交流，掌握民眾想法
納管水井有其背景條件，如何合理、有效的管理，為地方政府在水井管理工作上的一大課題，仍需持續努力，而基於政府一體，本署仍將每年籌編經費補助政府辦理各項納管水井管理工作，並提供專業協助，相信在中央、地方通力合作下，納管水井管理工作將更加完善。