所有權人受領遲延或拒絕受領、不能受領協議價購款時，需地機關可至清償地所在地之法院提存所辦理清償提存，筆者前已於水利署(以下簡稱本署)456期電子報中「協議價購價款是否可辦理清償提存」一文探討之，惟該前提係建立於需地機關已與所有權人同意協議價購，惟相對人未領款、亦未履行移轉土地所有權之給付義務而言。如所有權人並未同意協議價購，則仍應依土地徵收條例第11條第3項規定申請徵收，特此補充敘明。
依提存法第4條第6項規定：「政府機關依據法律所發給之補償費或其他公法上金錢給付，其提存由該機關所在地之法院提存所辦理之。」惟除上述之協議價購款外，清償提存於本署用地取得程序中可能適用時機為何？本文試舉並論述如下：
1.依各縣市政府公共工程拆遷自治條例核發之各項救濟金及費用等非法定補償金：依各縣市政府公共工程拆遷自治條例核發之各項救濟金及費用等非法定補償金，時有民眾因私權爭議或權利人死亡等因素未於通知限期內具領，為明確終止本署與申領人間之權利義務關係並兼顧法律上風險轉移之效果，可依提存法相關規定辦理清償提存（臺灣高等法院103年上字第732號民事判決參照）。
2.依土地法34條之1共有土地或建物之處分、變更或設定權利之對價或補償：該條文立法意旨在於兼顧共有人之權益範圍內，解決因少數共有人不予同意，即無從處分共有物之困難，爰限制少數共有人所有權之方式並賦予部分共有人得處分共有物之權，以促進共有土地或建築改良物之有效利用。故本署如因工程取得用地需要而需辦理標示分割、設定相關物權或有償取得共有不動產時，均可利用該條規定辦理，並將相關對價或補償依提存法規定辦理清償提存（土地法第34條之1執行要點參照）。
綜上，無論係為明確終止權利義務關係並兼顧法律上風險轉移之效果，抑或為促進共有不動產之利用以增進公共利益，本署於用地取得程序中均可善用清償提存之制度，惟應注意提存之對象及方式（例如已死亡者應以其繼承人為辦理提存之對象），以免未達清償效果。