民國98年8月莫拉克颱風來襲，造成曾文水庫淤積量高達9,108萬立方公尺，使南部地區供水穩定度存有極大危機。為積極辦理取曾文水庫淤泥之清除，南區水資源局(以下簡稱南水局)自101年起已辦理共計三期之曾文水庫抽泥清淤作業，透過水下泵將水庫淤泥由庫底抽送至下游河道內暫置，並於颱風豪雨期間藉由曾文水庫放水操作來進行河道沖淤作業，達到還砂於河，期能補助出海口砂源。而為了解放淤後對下游河道變遷影響及對生態環境之影響與評估，已自102年起執行曾文水庫放淤後監測作業至今。
藉由歷年所調查成果，大致可分為河道地形變化、河道水質變化、河道生態變化及放淤成效。
地形變化部分: 以近年大斷面測量資料所得平均河床高程相互比較，綜整歷年沖淤變動顯示，101-110年河道沖刷、回淤與變動範圍內無異常，均在微幅增減變動範圍內，顯示目前水庫放淤量，對河道影響相當小。
水質變化部分:無論上中下游水溫隨季節變化並不受放淤影響，pH、溶氧量及大腸桿菌主要受鄰近人為影響居多與放淤無明顯關聯，僅上游曾文一號橋測站因位置緊鄰淤泥暫置場，水質數據短期稍受影響，但暫置場淤泥順利放淤回歸河道後，即回復放淤前之狀態，水庫放淤操作對於中、下游水質檢測結果並無明顯關聯與影響。
成效部分: 依南水局抽泥統計資料，曾文水庫於101年開始進行抽泥放淤作業，曾文水庫已執行抽泥清淤855萬立方公尺，其中已沖刷830萬立方公尺之淤泥，效果極佳。放淤量由102年37.8萬立方公尺，至110年放淤量已提高至390萬立方公尺，下游水質與生態監測結果亦尚未出現異常情況，顯示放淤操作已發揮成效，且朝水庫淤積物出入平衡、庫容增加前進。
而以歷年曾文水庫放淤後測量、衛星影像、數值分析等，皆顯示未造成河道變遷與沖淤急遽變化情形。因此，下游河道之河防安全未受水庫放淤操作影響。
放淤操作目前已普及於國內、外各水庫，可有效率的去化水庫淤泥，在執行放淤作業過程中，透過定期的監測、滾動式的檢討，可準確掌握放淤對下游河道之影響。根據曾文水庫放淤監測與下游河道變遷影響分析歷年監測成果，均顯示放淤作業對下游河道尚無明顯異常影響，其變化僅為短暫性變動，於放淤操作後均能回復未放淤前之狀態，未來除持續加強清淤外，下游河道監測亦須相輔相成。