依自來水法規定，於水質水量保護區內取用水者須繳交水源保育與回饋費。經統計110年各保護區徵收經費約13.99億元，徵收來源主要為自來水事業用戶，共計徵收約13.55億元；另於保護區內取用地面水或地下水之1,916筆水權，共計徵收約4,504萬元，徵收用水標的以家用及公共給水(佔97.10%)為最大宗。
110年度徵收經費超過1億元之保護區共計4個，分別為新店溪青潭、高屏溪、石門水庫及石岡壩保護區；徵收經費介於5,000萬至1億元之保護區共計5個，分別為苗栗縣鯉魚潭水庫、板新給水廠、新竹縣頭前溪水系、南化水庫及曾文水庫保護區，其他保護區徵收經費皆在5,000萬元以下。
110年度已由回饋費支應保護區內非營利之家用自來水水費減收1.58億元，扣除自來水事業手續費及本署行政費後，計有11.30億元之回饋費可撥付予地方政府運用，辦理保護區內水資源保育與環境生態保育基礎設施、公共福利回饋及受限土地補償相關事項。
圖1 110年度水源保育回饋費徵收經費佔比統計（按各用水標的）